KH3D歷代故事關鍵字
～Keyblade～
在很久很久以前，以人的心之力產生的鑰匙狀武器。目前還不知道除此之外的起源點。
鍵刃分為【光之世界】、【暗之世界】、【人之心】這三種屬性，其中後兩種屬於特殊的屬性，
基本上故事中索拉和利庫所使用的都是屬於光之世界的鍵刃。
當鍵刃認同人的心後，就會出現在這個人的手上。
除了擁有開/鎖能力外，對不屬於光的存在也擁有特殊的效果。
通過更換特殊的鑰匙鏈，可以變化鍵刃的形狀和其能力。
～Keyblade Master～
指守護光與暗之間的均衡的光之守護者。
通過繼承之儀而選擇出新的鍵刃使，通過修行來教導鍵刃使被鍵刃選擇上的心之技巧，
並育成出下一代的鍵刃大師出來。
只有被賦予這個稱號的人才能以Master自稱，也只有大師可以將自己的力量傳承給下一代。
當有必要在最後判斷時看清鍵刃使是否真的符合資格的時候，會舉辦承認試驗來測試他的資格。
在鍵刃大師當中會有唯一一個的正統繼承者，
而這個正統繼承者的鍵刃大師將會擔當起守護啟程之地的責任。
～Master Xehanort～
歷代鍵刃大師當中被稱為最強的一位，也有被稱他是光與暗的均衡。
他那無窮的探求心招來的黑暗搶奪了他的心，想要再現當初鍵刃戰爭的傳說。
不過，這個野望最終被三位年輕的鍵刃使成功阻止，肉體看上去也一起被消滅了。
但是，其實他使用了只有鍵刃大師才能使用的將心取出的能力，
將自己的心轉移到別的肉體上，並隨後重複進行多次分離融合，以致多次變換姿態，
出現在Sora等人的面前。
～鍵刃戰爭～
指的是在很久以前流傳下來的，圍繞著真正的光——王國之心，光與暗的鍵刃使軍團之間的戰爭。
這場戰爭曾使這個世界一度失去光明。
不過，傳言說是小孩子們心中殘留的光聚集起來，再一次形成現在這個的世界。
～無心者～
指的是心中的黑暗的具現化存在，是世界中原本就存在的黑暗。
從心而生卻沒有心，故稱無心之人——無心者。
會本/能的追求心，通過搶奪心來繁殖。
因為只靠本/能行動，所以沒有統率力，特別是自然發生的純種無心，這種特色更強。
另外，也存在著自稱為Ansem的Xehanort通過人工產生出來的擁有標記的無心，
基本和純種無心的一樣進行活動、繁殖。
～王國之心～
傳說中登場的真正之光，被稱為王國之心。
在這之後出現的王國之心只是個單純的心的集合/體，其中包括
【世界之心】的王國之心和【人之心】的王國之心，這兩個都是Xehanort人工聚集製造出來的。
世界之心的王國之心被認為是連接通過黑暗世界的大門，大門裏面充滿著無盡的黑暗。
人之心的王國之心被認為能夠使無心的人獲得後成為完全的存在。
～無存者～
當心靈堅強的人的心被奪走、失去的時候，他的肉體和靈魂會轉變成【不存在的人】——無存
因為沒有心，所以只會通過人類時候的記憶來表現自己的感情。
無存和無心不一樣，並不是根據本/能，而是由機關統率，有意識地進行行動。
～十三機關～
人類狀態時擁有特別堅強的心的人，會以人類時的外表轉變成無存。
終止了關於心的研究的賢者Ansem所擁有的六名弟子當中，作為第一大弟子的T-Xehanort為了繼續進行關於心的研究，聯合其他弟子一起背叛了自己的老師，並捨棄了自己的心。
就在這時所誕生的Xehanort的無存，自稱Xemnas與其他弟子的無存一起結成【機關】，
隨後同伴一一增加，以13名（+1名）成員一起共稱【十三機關】
十三機關為了完成通過【人的心】聚集而成的王國之心，從無心那裏收集了許多許多的心。
不過，在Sora等人的活躍下，Sora等人一一擊倒機關成員，解放了被囚困的眾多的心。
～光之七公主～
指世界上只存在七位擁有毫無一絲黑暗、純粹的光之心的主人的統稱。
實際上並不全是真正的公主，而是七位少女而已。
傳言說只要收集到這七個純粹的光之心，就能獲得全世界，所以才被稱呼為光之七公主。
目前還沒完全明白這些光之心到底擁有怎樣的力量，
不過在這七個光之心被奪走的時候，曾經製作出通往王國之心的入口和【人之心】的鍵刃。
～異端之印～
指十三機關的指導者Xemnas在機關成員加入機關的時候，
將這個人的名字重新組合，並加入【Χ】的文字後像字謎一樣賦予成員新的名字。
這個【Χ】被稱為異端之印，作為一種記號在故事中以各種形式登場。
～Χ-Blade～
在遠古的時代中，與【真正之光】——王國之心相對應存在的傳說的鑰匙。
而鍵刃戰爭就是為了呼喚出王國之心、圍繞著唯一能打開這扇大門的鑰匙——Χ-Blade而展開的。
【Χ】也被讀作【Kai】、【Key】，
模仿Χ-Blade、通過人創作出來的就是Key Blade。
【Χ】意味著光與暗的交叉、會在高次元的光與暗的衝突中顯示出身姿。
另外，也可以猜測應該是作為光與暗的均衡的象徵，
異端之印也應是通過【Χ】為本形成出來的。
～與Sora連接著的人～
Sora在這個世界裏誕生的時候，就與名為“Ventus”的缺失了心中的黑暗部分的少年的心接觸，
將自己的心分享給Ventus，使兩人的心連接在一起。
在數年之後，成為年輕的鍵刃使的Ventus與自己的師兄姐Terra、Aqua一起對付Master Xehanort，
在這場戰鬥之中，Sora與Master Aqua相遇，並約定會成為自己的親友的Riku的引導者，
而Riku也與Terra有了個秘密的約定。
在這之後，Terra成為了Master Xehanort的容器，Aqua墮入黑暗世界消失不見，
而經自己的心粉碎了的Ventus的心再一次與Sora的心接觸、並在Sora的心中沉睡下來。
多年後，青梅竹馬的Kairi在心即將被黑暗奪取的時候，Sora無意識中將Kairi的心藏在自己心中。
同時以Sora的肉體為媒介，誕生出Kairi的無存Naminé。
而在Sora變成無心的時候，也誕生出Sora的無存Roxas。
另外，為了複製Roxas的能力而被製作出來的複製品就是Xion。
在Xion和Naminé的引導下，最終Naminé回到Kairi身上，而Roxas則是回到了Sora的身上。
就這樣，接觸過Sora的心、與Sora連接著的人，到現在依然還在悲傷之中沉睡著。
～Secret Message Unlocked～
The past wii be reawakened as a new number
In never-before seen detail
Prepare yourself for the awakening of the next number
流水賬式劇情回憶
～很久很久以前～
世界中的人們在“光”的照耀下和平地生活著，大家都十分喜歡“光”，
大家都相信光是由肉眼看不見的王國之心所賜予的恩惠。
大家都想要的得到“光”，大家的心裏開始產生了黑暗，逐漸演變成圍繞著想要支配“光”——
——為了爭奪王國之心而引發了鍵刃戰爭。
在熾烈的戰鬥中，作為守護王國之心、唯一能打開通往王國之心的大門、與王國之心相對應的存在Χ-blade被粉碎，分散成七道光和十三道黑暗，使得世界一度失去了光明。
不過多得小孩子們使用殘留在自己心中的光之碎片的力量，重新復原出原應消失的世界，
形成現在所看到的許許多多的小小的世界。
PS：Χ-blade中χ為希臘字母而不是英文，讀音寫作Ch，拼音約讀作ki，英文上就類似Key。
小寫的χ一般用在統計、物理、化學等途徑上，
大寫的Χ就如Χmas那樣在基督教中代表耶穌基督的名字。
所以作為“神聖的光的鍵刃”，命名為Χ（Key）-blade。（猜想）
～一切的開端～
（距離《王國之心夢中降生》幾十年前）
年輕的Xehanort在自己的故鄉命運之島的沙灘上遇見失去了身體、以無心的狀態身穿黃袍子的“未來的自己”——暗之探求者Ansem，從他那裏獲得了穿越時間所需要的力量，並接到了指令，一步步往未來穿越，將除了自己以外的十人帶往未來的不存在的世界，迎接Master Xehanort再一次恢復成人。而暗之探求者Ansem則留在命運之島，等待時機的來臨。
年輕的Xehanort再一次回到原先的時間，雖然失去了關於前往未來的記憶和經驗，不過會在心裏留下應該前進的方向，隨後年輕Xehanort順由心的引導前往外面的世界，與Eraqus成為師兄弟，並成為了一名鍵刃大師。
～陰謀的種子～
（《王國之心夢中降生》序章）
Master Xehanort想要重現當初的鍵刃戰爭，與堅守光明與秩序的師弟Master Eraqus意見不和，出手打傷師弟，在他的臉上留下疤痕，同時也讓Master Eraqus對黑暗更加深惡痛絕。
為了重現鍵刃戰爭就必須要製作出Χ-blade，為此，Master Xehanort收了一名內心存有強烈的光與黑暗力量的少年Ventus為徒，並試圖通過自身危險等條件促使Ventus覺醒內心的黑暗。
不過善良和略顯軟弱的Ventus並沒有如師傅之意覺醒出黑暗力量，Master Xehanort放棄這個念頭，直接使用鍵刃從Ventus體內抽取出純粹的黑暗Vanitas，Ventus因此使心缺失並陷入崩潰。
Master Xehanort帶著昏迷中的Ventus來到自己的故鄉命運之島並打算捨棄Ventus，不過就在此時，Ventus的心與剛剛出生的Sora的心相遇，Sora將自己心中的光分享給Ventus，彌補了Ventus心中缺失了的黑暗部分。因此Vanitas的外貌變得與索拉相似，同時也間接地使Ventus成為了“人造的第八位擁有純粹的光之心”的人。
察覺Ventus出現恢復跡象的Master Xehanort改變了主意，決定將Ventus寄放到自己的師弟Master Eraqus那裏，確保在嚴守光明的師弟身邊能讓擁有光之心的Ventus不受污染地成長起來，同時也盯上了師弟的弟子之一的Terra，想要通過Terra心中的黑暗來奪取Terra的身體。
～四年之後～
（《王國之心：夢中降生》正篇）
Master Eraqus向自己的師兄Master Xehanort發出觀摩Terra和Aqua的鍵刃大師承認試驗的邀請信，因為四年前師兄將“擁有光之心”的Ventus交托給自己的事讓Master Eraqus誤以為師兄已經放棄重現鍵刃戰爭，卻不知道自己作為“和好”的信件通知給自己師兄一切的時機已到。
在Terra和Aqua的鍵刃大師承認試驗中，Master Xehanort的暗中操作使Terra暴露出自己內心的黑暗而使Master Eraqus未能認同Terra能夠成為鍵刃大師。Aqua當上鍵刃大師後，Master Eraqus將關於正統繼承者以及啟程之地的秘密告訴給了Aqua。
Master Xehanort與對這次鍵刃大師試驗感到煩惱和不甘的Terra進行談話，利用認同Terra的想法的誘導性話語騙取Terra的信任，並告訴Terra保持像現在這樣使用心中的力量去壓抑黑暗。隨後，Master Xehanort就消失在暗之回廊裏，並開始偽裝自己的失蹤。
已退役的鍵刃大師Yan Sid察覺到Vanitas向其他世界釋放的無知，為了避免讓支撐世界的光之七公主陷入危險，決定向Master Eraqus委託進行調查。
接下委託的Master Eraqus本來打算通知自己的師兄Master Xehanort，卻發現無法聯絡上自己的師兄了，察覺到事情有變的Master Eraqus安排讓Aqua和Terra前往外面的世界。
另一方面，Vanitas也來到Ventus的房間裏與Ventus見面，並將Terra已墮入黑暗的預告轉達給Ventus，促使Ventus跟隨自己憧憬的師兄Terra一起前往外面的世界。得知Ventus也前往外面世界的Master Eraqus要求Aqua除了要看住自己擔憂著的Terra外，還要儘快將Ventus帶回啟程之地。
Master Xehanort在魔法領地告訴魔女Maleficent“只要集齊七個光之心就能獲得世界”，間接地促使魔女讓Terra取出奧羅拉公主的心，加深Terra的罪惡感，同時也使三人間的信賴出現動搖。
Terra為了尋找Master Xehanort的線索而來到不可思議之塔，看見了還處於修行階段的國王Mickey偷偷使用星之碎片出發前往外面的世界。Yan Sid告訴Terra，Master Xehanort可能和與無知有關的假面少年Vanitas有關係。
Master Xehanort呼喚離開不可思議之塔的Terra來到荒野，告訴Terra其實Vanitas是他從Ventus那裏抽取出來的純粹的黑暗的事情後，請求Terra幫助他彌補自己的過錯。
Ventus追趕誘引自己的Vanitas而來到荒野，不敵Vanitas的Ventus得到利用星之碎片趕來的國王Mickey的幫助，一起擊退了Vanitas。兩人相識之後，星之碎片再次將國王Mickey傳送離去。
Aqua來到光輝庭院，與趕來這裏的國王Mickey一起擊退無知，救下了4歲的少女Kairi。感覺到Kairi體內的光之心的Aqua為了避免Kairi再次受到襲擊，向Kairi的心施展了能引導Kairi前往能守護她的人的身邊的守護魔法。
Terra、Aqua、Ventus三人在光輝庭院再會、並一起擊退了巨大的無知，不過同時三人之間的信賴關係也開始出現裂痕，Aqua認為Terra不應該太接近黑暗，Terra認為Aqua在監視自己，夾在兩人之間的Ventus更是感到束手無策。
Master Xehanort以給予力量為條件讓Braig和他演了一場綁架戲，順利引出離開Aqua和Ventus、追隨而來的Terra體內的黑暗力量。Master Xehanort讓自覺自己真的墮入黑暗而感到沮喪的Terra成為自己的弟子，並賦予Terra鍵刃大師的資格，繼續誘騙Terra為了守護世界的秩序而去打敗Vanitas。
雖然Braig十分不滿自己的臉和右眼被引導出黑暗力量的Terra打傷，不過為了得到Master Xehanort的力量，Braig選擇繼續執行Master Xehanort的命令。
Ventus在尋找Terra的過程中救下了被無知襲擊的少年Ienzo，與Even等人有了一面之緣。而Vanitas就出現在尋找兩人的Aqua面前並襲擊Aqua，Aqua擊敗他後，認定Aqua是“備胎”。
雖然理由不同，不過認為Vanitas很危險的Terra和Aqua都分別拒絕帶上Ventus繼續旅程。低落的Ventus與想要進入研究院的Lea和Isa相遇，在成為朋友的Lea的幫助下，Ventus再次打起精神繼續尋找兩人的旅程。
國王Mickey在永無島被Vanitas襲擊並被帶走。Ventus來到永無島後撿到了國王Mickey留下的星之碎片，並留下了自己的寶物——Terra送的手制木鍵刃後被星之碎片帶離永無島，回到了不可思議之塔。Ventus從Yan Sid那裏得知國王Mickey失蹤，並表示會到Yan Sid魔法顯示中國王Mickey所在的荒野的地方去找國王Mickey。
Aqua在永無島再一次遇見Vanitas，Vanitas當著Aqua的面將Ventus留下來的寶物毀掉，憤怒的Aqua出盡全力擊倒Vanitas後體力不支倒地。
Terra在光的引導下來到了命運之島，與4歲的Sora和5歲的Riku相遇，感受到Riku身上的為了想要守護自己重要的事物而想變強的決意，決定以鍵刃大師的身份與Riku進行了繼承儀式，並與Riku約定等Riku長大、再一次來到Terra身邊時，就會將守護自己重要的事物的力量教於Riku。自此，Riku更加嚮往到外面世界冒險了。
Aqua在光的引導下來到了命運之島，與4歲的Sora和5歲的Riku相遇，感覺到Riku和Sora的氣息很像Terra和Ventus，也察覺到Riku已經進行了繼承儀式。為了避免他們倆長大後會重現像自己和Terra現在這樣的情況，Aqua打消了與Sora進行繼承儀式的念頭，改為向Sora留下“如果Riku在黑暗中迷失方向，你要一直在他身邊指引他”的話語。
Ventus在荒野遇見了Master Xehanort，從他那裏得知了自己的秘密的Ventus大受衝擊，在Master Xehanort的慫恿下決定回去啟程之地向師傅Master Eraqus問清楚一切。
Terra在Master Xehanort的指引下來到荒野，得知Ventus已經知道真相並正在回啟程之地，擔心Ventus的Terra馬上趕回啟程之地。
得知Ventus已經知道自己的真相的Master Eraqus為了避免Χ-blade的誕生，無奈地只能含淚想要永久封印Ventus。Terra在關鍵時刻趕到並抵擋了師傅的攻擊，打開暗之回廊將Ventus送出到別的世界，並決定為了保護Ventus而使用黑暗力量與自己的師傅戰鬥。
Terra戰勝Master Eraqus後，看到體力不支而跪下的師傅時才醒覺到自己對如同生父的師傅做了如此不孝的事。就在這時，無須再繼續演戲的Master Xehanort出現、偷襲了Master Eraqus，並向驚愕中的Terra道出自己的目的。看著師傅在自己面前漸漸消失的Terra，才明白到自己一直都被Master Xehanort利用，憤怒的Terra如Master Xehanort所願的一樣，爆發出強大的黑暗力量，高興的Master Xehanort為了讓Terra更進一步接近黑暗而動用黑暗力量破壞了啟程之地，並告訴Terra他在鍵刃墓地等著他們的到來。
Ventus來到了命運之島再一次與Vanitas相遇，並被Vanitas強制恢復了過去失去了的記憶。得知自己將要和Vanitas結合成Χ-blade的Ventus依然拒絕與Vanitas相結合，Vanitas向Ventus留下他將會在鍵刃墓地看到Terra和Aqua的最期的挑撥話語後離開了命運之島。
Aqua在異空回廊中遇見昏迷中的國王Mickey，並將國王Mickey帶回不可思議之塔。從Yan Sid那裏得知恩師的去世、啟程之地的崩壞以及兇手就是Terra和Master Xehanort後，不願意相信這是事實的Aqua決定前往鍵刃墓地找Terra查明真相。
三人在鍵刃墓地再會，確定Master Xehanort為一切事件的犯人後與Master Xehanort和Vanitas發起了戰鬥。結局，Terra的身體被Master Xehanort奪去，遺留下帶有殘留意識的鎧甲在荒野之中；Aqua在國王Mickey的幫助下成功破壞了Ventus和Vanitas融合成的不完整的Χ-blade，Χ-blade引起爆發將Aqua和失去意識的Ventus吹飛到異空回廊中去；Ventus在與自己的另一半的Vanitas戰鬥中自碎自心，Ventus的心在光的引導下再一次回到當初幫助過自己的Sora的心裏，並在Sora的同意下進入Sora的心中沉睡。
國王Mickey在異空回廊找到了昏迷中的Aqua和Ventus，並利用星之碎片帶她們回不可思議之塔。
醒來的Aqua從Yen Sid那裏得知Ventus的心已經陷入沉睡後，跟隨著Ventus的鍵刃的指引帶著Ventus一起回到了被破壞了的啟始之地，並使用師傅留下來的鍵刃解除啟始之地的秘密開關，讓啟始之地恢復成忘卻之城。
Aqua將Ven安放在覺醒的房間後，跟隨著與Terra之間的心的羈絆，在光輝庭園裏找到了處於失憶狀態的Terra-Xehanort。為了奪回Terra的身體，Aqua向Terra-Xehanort發起了戰鬥。
在Aqua和Terra內外協力下，一時間奪回身體控制的Terra用鍵刃刺向自己，想趕出Xehanort的心結果沒能成功而墮入黑暗，Aqua為了拯救墮入黑暗的Terra，將昏迷的Terra託付給自己的鎧甲和鍵刃帶回光之世界，而自己則墮入了無邊的黑暗之中。
Braig帶著賢者Ansem和他的弟子在光輝庭園找到了失憶的Terra-Xehanort，賢者Ansem將他作為弟子之一收容到自己的研究室內。
Aqua在黑暗世界中感到絕望，在無心們的襲擊中逐漸失去戰鬥下去的意志，幸好Terra和Ven的鍵刃及時出現為她化解了危機。察覺到彼此之間的羈絆未曾斷裂過的Aqua重新燃起希望，在無邊的黑暗中流露出久違的笑容。
～十年之間～
（介於KHBBS與KH1）
Aqua在黑暗世界發現一座十分像魔法領地的城堡。
Terra-Xehanort慢慢成長為賢者Ansem的第一大弟子。
賢者Ansem的一次小小的心理實驗導致弟子們的關於“心之黑暗”的研究計畫急速擴大，賢者Ansem的六名弟子瞞著賢者召集許多的實驗者，開始了關於心之黑暗的危險實驗。
Terra-Xehanort通過無心發現了通往世界的心的門，開始研究生產人造的無心，並盜用賢者Ansem的名字開始寫研究無心和黑暗的報告書。
賢者Ansem發現這些危險的實驗後，立即命令弟子們放棄至今為止的研究成果。
國王Mickey拜訪賢者Ansem。聽取國王Mickey的建議後，賢者Ansem在重新調查地下研究措施的資料時發現Terra-Xehanort使用自己的名寫下的報告書。
賢者Ansem被弟子們流放到黑暗世界，被奪走了一切的賢者Ansem決定捨棄這個已被奪走的名字，自稱為“Darkness in ZERO”（無中的黑暗）——DIZ，接著編寫真正由他書寫的Ansem報告，並伺機準備向自己的弟子們復仇。
為了找出鍵刃的勇者，Terra-Xehanort將擁有純粹的光之心的Kairi送出異空的海洋。Kairi在Aqua當初留下的守護魔法的引導下，來到命運之島與Sora、Riku相遇，並住入命運之島。
Terra-Xehanort以賢者Ansem的名義改造了控制光輝庭院的電腦的MAC，使得保護光輝庭院的系統不再為光輝庭院服務，不過多得賢者Ansem留下的密碼未被MAC破譯，致使MAC沒能獲得完全的系統控制權，避免了光輝庭院被MAC直接摧毀的可能性。
Terra-Xehanort帶領其他弟子一起捨棄肉體，分離成無心和無存。無心的Terra-Xehanort（以下轉稱暗之探求者Ansem）使用穿越時間的魔法回到了自己還沒離開命運之島的時間，將穿越時間的能力轉移給年輕的自己之後，就逗留在命運之島等待時機來臨。無存的Terra-Xehanort（以下轉稱Xemnas）帶領其他五個弟子的無存開始低調地成立十三機關。
光輝庭院因失去了保護系統、人造無心氾濫而轉變成虛空城，並被魔女Maleficent佔用。誤以為是魔女Maleficent控制無心、讓光輝庭園變成虛空城的Cid帶著還幼小的Leon、Yuffie和Aerith離開光輝庭園，來到交叉鎮等待著擁有鑰匙的人出現。魔法師Merlin也搬家到交叉鎮了。
～鍵刃的勇者～
（《王國之心》序章至中章）
住在迪士尼之城的Donald在向國王Mickey請安的時候發現國王Mickey不見了，從國王Mickey留下的信件中得知世界正在面臨危機，國王Mickey希望Donald和Goofy能前往交叉鎮尋找一名叫Leon的人打聽情況，還有就是找出擁有鑰匙的人，並在他的身邊協助他。
住在命運之島的Sora、Riku、Kairi正在製作木筏，他們認為就像當初Kairi來到命運之島時一樣，到達海的另一邊能去的話就有可能找到“外面的世界”。
逗留在命運之島的黃袍子人物——暗之探求者Ansem與偷懶中的Sora和有著強烈求知欲的Riku接觸，並誘導Riku在他們出發的前一天打開通往命運之島的世界的心的大門，引來了大批的無心進入命運之島。
經由Yen Sid的魔法，因參加鍵刃大師承認試驗而從未來回來這個時間的Sora和Riku，在即將被黑暗吞沒的命運之島的外海海底裏，無意識中打開命運之島的沉睡的鑰匙孔，成功潛入封閉在沉睡中的世界。同時，暗之探求者Ansem也在海面上看著兩人出發，察覺到暗之探求者Ansem的Riku無意識地往索拉的夢境裏潛入進去，而索拉則是被打上Ｘ型的“異端之印”，使年輕Xehanort、Xemnas等人都能通過印記進入夢境，幹/擾、誘導Sora和Riku偏移原先Yan Sid所設置的路線。
暗之探求者Ansem潛伏進Riku體內並帶走了Riku。
Kairi的心在快要被黑暗吞噬的時候，Sora無意識地將Kairi的心藏在自己的心裏。同時，本來不可能出現的Kairi的無存Naminé通過索拉的肉體和靈魂為媒介誕生。不過因為Naminé實際上並沒有Sora的肉體，所以像是幽靈一般的她一直處於不穩定的狀態。
【也有人認為Naminé和Roxas是同一時刻誕生的，不過在3D的“與Sora相連的人”的檔裏表示Naminé確實是在Kairi的心進入Sora體內的時候借由Sora的肉體和靈魂為媒介誕生的。】
Sora的耳邊響起了一把聲音，讓Sora使用“沉睡在Sora體內的力量”——鍵刃來與無心戰鬥。結果，命運之島被黑暗吞噬，Sora也隨之昏迷了過去，來到了交叉鎮。
Riku醒來後，發現自己和昏迷中的Kairi已經在魔女Maleficent的大本營裏，魔女Maleficent欺騙Riku，告訴他只要收集齊七位擁有純粹的光之心的公主，就能打開通往王國之心的大門，王國之心是知識的寶庫，那裏有世界的真理，肯定能找到救助凱利的方法——利用這個理由來誘惑Riku去使用能夠控制無心的黑暗之力並達成自己“征服世界”的目的。
Sora醒來後從Cid等人那裏得知了一些關於外面世界的事情後，也與Donald等人相遇了，Sora決定跟Donald等人一起乘坐積木船到外面的世界尋找Riku、Kairi、國王Mickey和解決目前危機的方法。
在旅行的途中，Sora等人發現了魔女Maleficent抓走特定的少女的事情，也得知了Sora的鍵刃能夠封印通往各個世界的心的大門的鑰匙孔。為了避免再有世界因無心吞噬世界的心而墮入黑暗，Sora用鍵刃將通往各個世界的心的大門的鑰匙孔給鎖上了。
在黑暗世界裏一直保持清淨的心來面對黑暗的DIZ獲得了黑暗的力量，並找到了通往外界的“暗之回廊”。為了瞞騙Terra-Xehanort等人的眼睛，DIZ使用黑暗力量改變了自己的外貌後才回到光之世界。DIZ發現無心狀態的Terra-Xehanort如自己所料在利用無心來收集世界的心，同時也發現了無存的存在。
Sora在交叉鎮、鯨魚肚子、永無島裏找到了Riku和失神的Kairi。不過Riku卻與Sora的關係越變越差，這是因為一方面Riku在自責自己摧毀了故鄉的小島和導致Kairi昏迷，另一方面又妒忌Sora與Donald等人在一起——就如同自己從遇見“那個人”那天開始做夢都想到外面世界冒險一樣，作為“鍵刃的勇者”四處冒險，這種矛盾的心態被在Riku體內的暗之探求者Ansem和魔女Maleficent所利用，讓Riku覺得必須由自己去拯救昏迷中的Kairi。
Sora在虛空城大門前再一次與Riku再遇，Riku以正式的繼承人——被鍵刃選中的人的身份強行召喚走Sora的鍵刃，而Donald和Goofy也必須按照國王Mickey的留言“和擁有鑰匙的人一起出發”而不得已地離開Sora。氣餒的Sora在前來拯救貝爾的野獸帶動下一起往虛空城內部進發，並在野獸的雖然不體貼但目的卻十分明確的話語中，Sora也鼓起勇氣決定要再和利庫見面，解釋清楚一切。
Sora在虛空城內部找到了Riku，Goofy和Donald也決定即使違背國王的命令也要陪伴在索拉的身邊，領悟到“相連的心的力量”的Sora再一次從Riku的手上將鍵刃召喚回來，並戰勝了使用黑暗力量的Riku。
過度依賴黑暗力量的Riku最終被暗之探求者Ansem奪走了身體，使用利用六位光之公主的心所煉成的、能夠打開人的“心之門”的鍵刃背叛了正在利用光之公主的心呼喚出通往黑暗的鑰匙孔的魔女Maleficent，使魔女Maleficent被自己心中的黑暗給吞噬了。
暗之探求者Ansem告訴Sora，這把能打開人心的鍵刃和通往黑暗的鑰匙孔都處於不完全的狀態，Sora的鍵刃無法鎖上這個鑰匙孔，不但會讓黑暗從鑰匙孔中不斷流出，而且時間長了還有可能爆發，它們所欠缺的就是藏在Sora體內的Kairi的心。
為了救出kairi,也為了封印鑰匙孔，Sora將自己的鍵刃交給Donald後選擇使用打開人心的鍵刃解放自己的心。Kairi的心成功被解放出來，通往黑暗的鑰匙孔也完成了，Sora消失在剛剛蘇醒而趕過來的Kairi手中。Sora不在了，Sora的鍵刃也隨之消失，Donald和Goofy只好帶著Kairi，趁著一時之間奪回身體控制權的Riku的幫助下逃跑到虛空城的城門。
～無存的誕生～
（《王國之心 358/2 Days》第一天）
擁有著與Ventus一模一樣的臉和聲音，以體內沉睡著Ventus的心的Sora的肉體和靈魂為媒介的無存在黃昏鎮誕生，Xemnas迎接他並帶他前往黑暗世界的海灘邊，此時Aqua並不在沙灘那裏。
【另外，也有個說法表示沒有實體的Naminé也以Sora的肉體和靈魂為媒介誕生，擁有操縱Sora以及與Sora有關的人的記憶。不過在3D的檔裏面並沒有表示Naminé和Roxas是同一時間誕生，而是說Naminé在Kairi失去心的時候誕生、Roxas是解放的時候誕生的，所以這裏只單獨提一下。】
～花紋貝的約定與往昔的回憶～
（《王國之心》終章·上）
kairi在虛空城城門前發現了一隻跟了上來的無心，感應到這個無心就是Sora的Kairi抱緊無心並呼喚Sora，在黑暗之中逐漸忘卻一切的Sora聽見了Kairi的呼喚，成功再次從無心狀態中恢復成人。
再一次墮入黑暗的Riku在黑暗之中聽到一把聲音，他告訴Riku，為了從兩邊一起關上黑暗進出的大門，就需要獲得這一邊的鍵刃——需要“兩把鑰匙”和“兩顆心”，並引導Riku在黑暗中前進。
Sora和Kairi回到交叉鎮後，從Leon等人那裏得知他們原本是虛空城的住民。Sora破壞掉那把能夠打開人心的鍵刃後，公主們的心也回到了公主們的身體裏了，但是被暗之探求者控制著的Riku和不斷流出黑暗的鑰匙孔依然留在虛空城，為了解決接下來的事情就得再前往一次虛空城。
Kairi早就知道Sora不會帶她一起去的，所以Kairi將自己重視的自製花紋貝殼護身符交給了Sora，並要Sora約定一定要回來，將這個護身符還給她。Cid考慮到異空回廊中無心的暴增會影響Sora他們的積木船，特別為Sora他們的積木船安裝一個新的導航積木，以便從另一條新的航道繞行過去，同時Cid等人也打算一同前往虛空城。
Xemnas在虛空城測試了一下Sora的實力，留下“你並不完整”的話語後消失了。
儘管公主們都在努力地制/壓外溢的黑暗力量，不過黑暗還是不斷地從鑰匙孔中流出，早已達成目的的暗之探求者Ansem也已經離開了，Sora擊敗化作巨龍的魔女Maleficent後，順利回到鑰匙孔前封印鑰匙孔。不過為了拯救出其他被黑暗吞噬了的世界和被暗之探求者Ansem奪去身體的Riku，Sora等人決定前往“世界的終焉”。
～你的名字，你的意義～
（《王國之心 358/2 Days》第六天、第七天）
第六天，測試完Sora的Xemnas回到沙灘接Sora的無存，但是Sora的無存依然因Sora變成無心狀態的時間太短導致想不起本體的記憶，包括自己原本的名字。
Sora的無存回到黃昏鎮後，Xemnas在棄宅前賜予他利用S、O、R、A以及X的英文字母組成的Roxas的名字，並讓他加入成為十三機關成員之一。在Roxas獲得名字的這一天裏，Roxas與Axel第一次一起在黃昏鎮觀看夕陽。
第七天，為了確實地獲得新的力量，十三機關實行了複製品計畫，由機關成員Vexen負責制作了人偶NO.i。認為名字能夠賦予物體意義和存在價值的Xemnas決定賦予人偶利用N、O、I以及X的英文字母組成的Xion的名字，並讓她作為第十四位成員加入十三機關。
～即將展開的新冒險～
（《王國之心》終章·下）
Sora在世界的終焉戰勝了暗之探求者Ansem，就在暗之探求者Ansem向著暗之扉（Door to Darkness）祈求黑暗力量的時候，大門放出強烈的光將暗之探求者Ansem完全淹沒了。
隨後Sora等人在從門的另一邊趕到的國王Mickey和Riku的幫助下一起關閉暗之扉，不過因為關閉暗之扉需要兩個人從兩邊同時使用兩個世界的鍵刃才能鎖上，所以和Riku一起獲得了王國之鍵D的國王Mickey決定留在黑暗世界鎖上大門，而Riku也在對Sora留下“照顧好Kairi”的話語後，選擇和國王Mickey一起留在對面的黑暗世界。
被黑暗吞噬的世界開始復原，Kairi回過神來的時候就發現自己站在“世界的終焉”中逐漸分離中的命運之島的土地上，發現Kairi的Sora與Kairi約定“一定會回去的”的諾言後與Kairi告別，Kairi隨著命運之島的恢復一起回到了命運之島。
Sora等人來到了一個不認識的世界，就在眾人愁著接下來該怎麼辦的時候，普魯托叼著國王Mickey的信出現在他們面前，為了就找到逗留字黑暗世界的利庫和國王Mickey，Sora和Donald、Goofy一起再次展開旅程。
～分裂～
（《王國之心 358/2 Days》第二十三天）
Xemnas將機關中有謀反嫌疑的成員派遣到忘卻之城，其中Axel接到Saix的秘密任務，要Axel處理掉背叛者和多管閒事的人。今天Roxas和Xion第一次組隊進行任務，Xion開始吸收Roxas的力量。
為了不讓十三機關的人察覺自己的存在，DIZ將自己安置在黃昏鎮的棄宅地下室裏展開調查，並得知十三機關中以背叛者為首分成了兩派，為了探索機關的目的，DIZ前往其中6人所聚集的地方，處於狹間世界的盡頭聳立的"忘卻之城"。
DIZ發現十三機關的成員正在對一名名叫Naminé的無存進行關於記憶的實驗，同時也發現Sora來到了忘卻之城，地下也傳來了黑暗的氣味，感覺演員已經漸漸到齊了。
～忘卻之城～
（《王國之心記憶之鏈》序章）
（《王國之心 358/2 Days》第二十四、第二十五天）
Sora在尋找Riku和國王Mickey的途中，遇見一名黑衣人【No.11 Marluxia】，並聲稱Sora將會失去最重要的東西，引導Sora來到了忘卻之城並往上前進。而從昏迷中醒來的Riku被DIZ喚醒，出現在忘卻之城地下13樓。在前進的過程中，Riku再次被自己心中的暗之探求者Ansem找上，誘惑Riku再次打開黑暗力量，幸好國王Mickey的光及時趕到，鼓勵Riku不要輸給黑暗，並伴隨Riku一起前進。
～Xion～
（《王國之心 358/2 Days》第二十四、第二十五天）
（《王國之心記憶之鏈》序章）
第二十四天，Roxas帶著Xion一起出去完成任務。在同一天裏，Sora等人進入了忘卻之城並爬上了好幾層樓，因為Sora的記憶開始被Naminé抹消和更改，Sora的記憶碎片開始流向Roxas，而Xion也經由Roxas開始吸收Sora的記憶碎片，其中最先被改動、占主要地位的Kairi的記憶碎片也因此流入Xion體內。隨後，Xion開始基於這些記憶碎片建立人格，並第一次發出聲音與Roxas交談，將自己的名字告訴Roxas。
第二十五天，Roxas再一次與Xion一起進行任務，Roxas第一次看見Xion的面貌。任務期間Xion第一次拿到並使用了Roxas的鍵刃，以此為媒介吸收了一定量的力量。任務結束後Xion和Roxas一起在鐘樓上吃冰棒，兩人成為了朋友。同時，Riku於今天前後出現在忘卻之城地下13層並往上前進。
～虛假的記憶～
（《王國之心記憶之鏈》正篇·上）
忘卻之城地上組打算利用Naminé的力量改寫Sora的記憶從而獲得“鍵刃的勇者”，機關成員之一的Axel自告奮勇地去測試Sora並將用Sora的記憶做成的卡片交給Sora。地下組為了對抗地上組，也企圖想要獲得疑似與Xemnas接近的Riku的力量。在Riku到達忘卻之城地下九層時，機關成員之一的Vexen為了抽取Riku的資料而測試了一下Riku。
隨著在忘卻之城中行動，Sora的記憶開始一一丟失，吉米尼的記錄也因這股力量變成了白紙。在Sora到達忘卻之城第六層時，Sora的記憶被改動，記憶中多出了一名少女的身影。
Riku到達忘卻之城地下七層時，Vexen將之前從Riku身上得到的資料植入來忘卻之城時帶來的“人偶素材”中，製造出假Riku的人偶，並讓他與真Riku戰鬥。雖然假Riku輸給了真Riku，但是假Riku認為不敢接受黑暗力量的真RIku是個膽小鬼，自己會很快就超越他。
Sora到達忘卻之城第七層時，受到機關成員No.12的Larxene故意誘導，使Sora“想起”那名名叫Naminé的少女才是和自己許下重要約定的人，而不是Kairi。Kairi在Sora心中的存在幾乎被Naminé完全取代。
Riku到達忘卻之城地下六層時，Vexen帶著假Riku來到地上組，想要利用卡片和Naminé的力量向假Riku植入真Riku的記憶，但是假Riku認為真Riku太過膽小，拒絕接受這樣的記憶，並對Larxene出言不遜，結果被Larxene帶到Naminé面前強行洗腦，認定與Naminé許下重要約定的人是自己，並認為自己就是Riku本人。
Sora到達忘卻之城第八層時，遇見前來找渣的假Riku。假Riku告訴Sora，能夠拯救Naminé的人只有他。
Larxene諷刺假Riku的變化如此之大，讓Naminé感到十分痛苦，Naminé覺得即使自己如何更改Sora的記憶，Sora對Kairi的思念只會越來越深，自己只不過是個替代品。Larxene則告訴Naminé，只要Naminé能夠完全地替換掉記憶，那麼Naminé就不再是Sora的心中的Kairi的影子，而是成為“真實的存在”。
Sora到達忘卻之城第九層時，假Riku又來找渣，並認為Sora和以前一樣一直都在踐踏他的心。
Sora到達忘卻之城第十層時，Sora已經忘記了Kairi的存在。另一方面，作為這次忘卻之城“負責人”的機關成員No.11、Marluxia因為不滿意假Riku接連失敗而責難Vexen，並要求Vexen如果不想被上級知道這次的醜態的話，就去親自消滅Sora。
Sora到達忘卻之城第十一層時，Vexen看出地上組篡奪機關的陰謀，打算利用Sora記憶中的黃昏鎮的卡片破釜沉舟地引導Sora，想讓Sora知道Roxas的事情。地上組的機關成員感到不安，Marluxia要求Axel去消滅Vexen。儘管這是計畫以外的事，不過Axel為了博得Marluxia的信任，只好去消滅不敵Sora而準備多嘴透露地上組的秘密的Vexen。
～沉睡～
（《王國之心 358/2 Days》第二十六天）
358/2的第二十六天，Roxas聽說前往忘卻之城的成員被消滅了，隨後在任務中因Sora的記憶持續更改和Sora接觸到黃昏鎮的衝擊而倒下，討伐無心的任務交給Xion執行。
PS：Roxas的沉睡原因我還不太確定，因為時間上並不明確，是記憶持續更改、還是Sora接觸到Roxas的黃昏鎮記憶、還是說Sora已經進入記憶恢復裝置了......難以判斷哪個才是正確的。但是按漫畫版的表現來說，原因是Sora進入記憶恢復裝置、被Naminé拆開記憶之鏈才造成Roxas昏迷的，其實這個理由也說得過去，因為在Sora的深處也有Roxas的記憶（黃昏鎮），拆開Sora的記憶之鏈當然對Roxas有影響，結果，Roxas在自己那部分的記憶恢復之前都和Sora一樣沉睡下來。
～真實的記憶～
（《王國之心記憶之鏈》正篇·下）
Riku來到忘卻之城地下四層時，地下組的機關成員No.6的Zexion和機關成員No.5的Lexaeus對Vexen的死訊感到十分震驚，Lexaeus認為地上組獲得可操縱的Sora的話會對他們造成很大的威脅，但是並不需要像Zexion說的那樣去消滅Sora，如果Marluxia得到了“光”的話，他們地下組只要得到“暗”的Riku就行了。結果，Lexaeus不敵Riku而爆發龐大的黑暗力量想要淹沒Riku，墮入黑暗的Riku再次遇見暗之探求者Ansem，幸好國王Mickey的聲音再一次趕到，為Riku驅散了黑暗，Riku對於在多次被國王Mickey幫助下才脫離黑暗的自己感到不甘心。
Sora到達忘卻之城第十二層時，假Riku再一次與Sora戰鬥。戰鬥結束後，Sora發現他們倆人對Naminé的記憶、獲得的護身符和許下約定的內容居然都完全一樣。焦急地想要尋找Riku的Sora與Donald、Goofy鬧翻，並自己一個人搶先往前進發。另一方面，地上組成員為計畫順利進行而感到高興，同時也認為能夠出手消滅Vexen的Axel可以信任。
Axel趁著Marluxia不在期間，鼓勵Naminé能夠拯救現在的Sora的她，並放跑了Naminé。Naminé來到Sora所在的使用命運之島卡片形成的房間中告訴Sora不要去相信自己，自己並不是Sora真正重要的人。聽到Naminé的話後，Sora記憶中再次想起Kairi的身影，不過依然沒能想起Kairi的名字。
Sora到達忘卻之城第十三層時，Sora擊退了認為Sora才是記憶被操縱了的人而接近瘋狂的假Riku。就在假Riku再次消失後，隨之而來的Larxene將Naminé操縱了Sora和假Riku的記憶的真相告訴Sora，並想要諷刺Sora和Naminé。不過Sora認為即使記憶是虛假的，自己想要保護Naminé的心情就和Naminé想要保護自己一樣是真實的。就在生氣的Larxene想要消滅Sora的時候，Donald和Goofy及時趕到並和Sora協力消滅了Larxene。
Axel來到地下組會議室找Zexion，並告訴他不僅Lexaeus被Riku消滅了，連Larxene也被Sora消滅了，下一個就該輪到Marluxia了。地上組失去了對Sora的控制，地下組也沒有繼續控制Riku的理由了，Zexion對於與消滅了Lexaeus的Riku戰鬥感到興趣，並向Axel索要了關於Riku故鄉的資料，打算用不同的做法對付Riku。
Sora到達忘卻之城最上層時，Axel正打算翻臉消滅背叛者Marluxia，Marluxia利用Naminé當擋箭牌，並讓Sora去對付不在乎Naminé生死的Axel。Axel被Sora擊敗後感到十分滿意，並留下“看來幫助你是沒錯的”的話語後離開了。
Marluxia要求Naminé完全消除Sora的記憶，Naminé不願意這麼做，就在Marluxia想要對Naminé動手的時候，假Riku出現並重創了Marluxia，表示即使自己身心只是個如同空殼般的贗品，也會有不願意失去的記憶，為了這些虛構的記憶，他選擇了“要保護Naminé”。
在假Riku承諾保護Naminé後，Sora放開包袱與Marluxia戰鬥，並將大門後的真正的Marluxia擊敗，使用鍵刃的力量將大門鎖了起來。
Riku來到忘卻之城地下三層時，Riku遇見了Zexion。Zexion告訴Riku鍵刃的勇者消滅了Marluxia的消息，Riku感到很高興並想快點見到Sora，不過Zexion則表示到現在依然被黑暗纏繞、連抬頭挺胸去見Sora的資格都沒有的Riku只可能成為與黑暗戰鬥的Sora的敵人，並將命運之島的卡片交給Riku，讓他用自己的眼睛去證實這件事。
Naminé開啟了記憶恢復裝置，Sora和Naminé約定下一次見面時要跟Naminé道謝並真正地成為朋友，在記憶恢復裝置中成功回想起Kairi的名字後，Sora陷入沉睡。
Riku在忘卻之城地下三層的房間——命運之島中與Zexion的戰鬥陷入僵局，Zexion利用Riku親自破壞小島的記憶、往事和偽造的Sora來攻擊Riku，Naminé化作Kairi的身影鼓勵Riku，即使心中抱有黑暗，只要有不輸給黑暗的勇氣就可以讓黑暗成為Riku無可取替的力量，無論是光的力量還是黑暗的力量都能夠為Riku指引方向。Riku決定使用黑暗的力量，並成功突破Zexion的幻覺並打敗了Zexion，Zexion用盡最後的力量逃跑了。
儘管假Riku被善良的Sora鼓勵，但依然不知道自己以後的路該怎麼走。就在這時，Axel出現並帶假Riku去見剛逃跑回來的Zexion，慫恿假Riku擊倒Zexion，吸收不屬於真Riku的力量，成為“一個新的存在”。
Riku來到忘卻之城地下二層時，多次誘惑Riku的暗之探求者Ansem再次出現在Riku面前，國王Mickey也終於趕到了Riku的身邊，阻止了暗之探求者Ansem的陰謀，並將引導自己來到Riku身邊的黃昏鎮的卡片交給利庫。來到黃昏鎮後，利庫遇見了假裝成暗之探求者Ansem的DIZ，並認出原來最初在地下十三層裏將卡片交給他、引導他前進的人就是DIZ。隨後，DIZ讓他去黃昏鎮深處找Naminé，並在那裏做出選擇。
假Riku擊倒Zexion並抽取了他的力量後，發現自己其實依然還是真Riku的贗品，絕望又羡慕真Riku的他來到黃昏鎮的棄宅前找到真Riku，並與真Riku戰鬥，最後在與真Riku的對話中安穩地消失了。
來到記憶恢復裝置的Riku找到了Naminé和正在沉睡的Sora，並認出當時在命運之島假裝Kairi引導自己的人就是Naminé。一番交談後，Naminé給了Riku一個選擇，是將黑暗力量——連同暗之探求者Ansem和過去的記憶一起封印起來，還是繼續維持現狀。看著Sora的睡臉，Riku決定為了保護Sora，自己要和自己心裏的暗之探求者Ansem戰鬥，即使被黑暗吞沒，黑暗依然會指引著自己前進，就和當時Naminé所說的一樣，並將Sora委託給Naminé照顧。
隨後，Naminé為了修復Sora的記憶而拆開了Sora的記憶之鏈，使得除了Naminé以外的人都斷絕了“對Sora的回憶”，Riku也忘記了“對Sora的記憶”，僅留下經由Naminé的說明而知道的“認識到Sora這個存在”、“知道名叫Sora的這個人是自己的親友”而已，同理，DIZ和十三機關等人也只是通過其他人的途徑“認識到Sora這個人”，本來就沒有“對Sora的記憶”的部分。
Riku來到忘卻之城地下一層時，Riku再次與國王Mickey、DIZ相遇。DIZ將能引出心中黑暗的卡片交給Riku，讓Riku和自己的黑暗——暗之探求者Ansem戰鬥。Riku向國王Mickey表示，他要自己一個人與Ansem戰鬥，萬一自己再次被黑暗吞噬的時候，希望國王Mickey能了結自己。國王Mickey也向Riku保證，萬一出現這種情況，自己也一定會再次去救出Riku，就和Riku決心要和Ansem做了了斷一樣，自己也決定要無論如何都要幫助Riku。
Riku打開大門，再一次戰勝暗之探求者Ansem。但是不死心的暗之探求者Ansem自爆釋放出龐大的黑暗想要吞噬利庫，米奇見狀使用光的力量救出了Riku。
Riku和國王Mickey來到忘卻之城大門前，在準備離開忘卻之城的時候兩人再次遇見DIZ，DIZ再一次給予Riku一個選擇：“你是想走黑暗之路，還是光明之路。”，Riku告訴他自己哪一條都不會選，正當DIZ感歎利庫要走的是黃昏之路時，Riku則回頭笑著告訴DIZ，自己要走的，是黎明之路。
～不足一年的生活～
（《王國之心 358/2 Days》正篇）
第五十天，Sora的記憶恢復到一定程度後，Roxas終於醒來了。來到大鐘樓的Roxas從Xion那裏得知Xion每天都有撿貝殼給他，貝殼裏的海浪聲音讓他想起夢中的那位女孩子，感覺她和Xion很像。
第五十一天，聽說出發去忘卻之城的成員全滅了，Roxas很擔心Axel。
第五十二天，Roxas開始發現自己腦裏時不時閃現Sora的記憶，但並不知道這是怎麼回事。另一方面，Axel跟丟了Sora和Riku的足跡，回到忘卻之城的Axel開始調查“覺醒的房間”在哪里。
第七十一天，Axel的調查無果，回到了機關。Roxas感到很高興，兩人一起去大鐘樓吃冰棒，並且談了下Xion的事。
第七十二天，Roxas感覺Axel有點變了，同時今天也沒能遇上Xion。
第七十三天，Roxas依然沒能找到Xion，已經有十天左右沒見面了，Xion在裏日記中表示自己突然間就無法使用鍵刃了。
第七十四天，Roxas和Axel一起去尋找失蹤的Xion，找到後發現Xion無法使用鍵刃了。事後三人一起在大鐘樓吃冰棒，Axel第一次看到Xion的樣子，感覺Xion的樣子有點像Naminé。
第七十五天~，Xion與Roxas或Axel共同進行任務，開始慢慢恢復鍵刃的力量。
第九十四天，Xemnas向剩餘的機關成員展示人造的心的集合/體——人造王國之心。
同時，因為忘卻之城是十三機關的領地，為了Sora的安全，DIZ說服Naminé將記憶恢復裝置搬至黃昏鎮的棄宅裏。另外，Riku因一直對自己體內的黑暗力量感到痛苦而主動離開了國王Mickey的身邊，後來被DIZ發現，Riku為了保護“Sora”成為DIZ的協力者。
第九十六天，Roxas將自己的鍵刃借給Xion使用，讓Xion大幅度地吸收到Roxas的力量，任務結束後，Xion恢復到能夠使用鍵刃的力量。
第一百一十九天，Xaldin和Roxas一起前往野獸城堡進行任務，Xaldin看不慣野獸，認為野獸所珍視的玫瑰只會成為野獸的弱點。同時，Axel因機密任務而外出一段時間。
第一百四十九天，Xion在單獨任務裏遇見Riku，並被Riku擊敗。察覺Xion身上有Kairi的身影和像假Riku的人偶氣息的Riku稱Xion是假貨，Xion感到困惑不已，並開始對自己的存在產生懷疑。同時因為任務失敗，Xion被Saix說是“失敗品”。
第一百五十一天，Xion和Roxas說起最近任務失敗的事，不過實際上Xion並不想見Roxas，因為自己會拿自己與Roxas作比較，而Roxas則誤會自己說了些不該說的話導致Xion不願意和他見面，以為Xion生氣了。
第一百七十一天，Xion再次任務失敗而昏迷，Saix認為如果Xion再發生這樣的事情的話就應該將Xion消滅，製造下一個更高性能的複製人偶，不過Xamnas就沒有對此表示任何意見。
第一百七十二天，Xion依然昏迷不醒，Axel從Saix那裏得知“Xion沒有成為機關成員的資格”，Axel以為這是因為Xion十分像Naminé的關係，但其實Saix一直都沒能看到Xion的樣子，因為Saix一直都只認為Xion是個會說話的人偶，不承認她具有人格。
第一百七十三天，Axel並沒有將自己還沒確認過的實情告訴Roxas，第一次對Roxas撒了謊，不過Roxas並沒有注意到這件事。
第一百七十四天，Xion依然在沉睡，Roxas決定連同Xion的份一起努力，每天回到機關後都給Xion的枕/邊放貝殼。
第一百九十三天，Xion醒過來了，雖然Saix反對讓她外出，不過最後還是被同意讓Axel和Roxas陪同下三人一起出去進行任務。在任務途中Xion再次倒下，昏倒的Xion喃喃自語出Sora的名字。Xion感覺自己在沉睡期間一直都在做著“讓人懷念的夢”，可能是吸收Roxas力量的同時吸收的記憶碎片過多導致的。另一方面，Axel從Saix那裏得知Vexen的實驗室有Xion的秘密，而正在修復Sora記憶的Naminé已經通過記憶的流向知道關於Roxas和Xion的事了。
第一百九十四天，Axel來到Vexen的實驗室裏尋找有關Xion的秘密的文件。Axel從一份關於Naminé的相關報告裏，得知Vexen通過研究Naminé的能力，經歷好幾次實驗之後終於完成了“以人偶充當容器並複製對方能力的複製品”，其中No.i是他最為巔峰的作品。
第二百二十四天，Axel從得知Xion的秘密之後就一直很煩惱，因為在自己去實驗室之前根本沒發現Xion是個優秀的複製品人偶。Axel能夠很明確的認為Xion是朋友，不過就不知道到底該怎樣去面對Xion，是利用？無存和人偶到底有什麼不同？Axel在記憶之城對早就知道是人偶的假Riku的時候想著的只要利用就行了，但是在發現Xion也是複製品人偶之後卻不認為應該去利用Xion，還是說當初自己也不應該去利用假Riku？......為了打消這樣的不安，Axel約Roxas和Xion在下一次休假的時候一起去海邊玩。
同一時間，DIZ發現Sora的記憶恢復進度開始變慢，感覺瞞不下去了的Naminé在DIZ的提問下只好說出Xion的事。
第二百二十五天，Xion最近一直因為記憶吸收而不斷做夢，導致難以入眠。Xion猜想出Axel應該在隱瞞著什麼，為了查出自己的秘密，Xion前往忘卻之城調查自己的出生秘密。
第二百五十五天，複製品計畫接近最終階段，Xion所吸收的Roxas的力量和Sora的記憶會慢慢開始展現出不同的姿態，Xamnas也開始偶然能看到Xion以Ventus的的姿態出現。
同時，Xion為了調查自己的秘密再次來到忘卻之城，遇見了接到命令來忘卻之城銷毀剩餘設施的Axel。Axel要求Xion不要在來這裏了，不過Xion堅持認為這裏有她的秘密，而且最近也夢到了不少“人類時候的記憶”，包括【在這裏和Axel見過面】的部分。得知Xion已經連Sora在忘卻之城的記憶也吸收到了的Axel否定了Xion的“記憶”，並讓Xion跟他一起回去找Roxas，但是Xion堅持要知道自己到底是誰，隨後甩下Axel往忘卻之城深處進發。
Axel從忘卻之城回來後在大鐘樓找到了等待他們的Roxas，Axel再一次撒謊稱Xion有重要的任務要做所以來不了，Roxas開始覺得Axel變得有點奇怪了。另一方面，到達忘卻之城深處的Xion終於得知了自己的秘密，自覺自己不應該繼續存在下去。
另一方面，Riku在棄宅裏找Naminé談話，Naminé告訴Riku關於Sora的記憶恢復進度出現阻礙以及關於Xion和Roxas的事情。Naminé已經能清晰看到Xion的模樣了，證明Xion已經吸收了很多的Sora的記憶。Xion自己的記憶和Sora的記憶相互交織在一起，無論是替換Xion的記憶還是一片片慢慢取回都會花費更多的時間，DIZ是不會同意這種做法的，剩下的方法只有將Sora的記憶連同Roxas、Xion的記憶一起取回來。
第二百五十六天，Xion第一次脫離機關。雖然Saix並沒有公告出來，但不允許Roxas去尋找Xion。
第二百五十七天，機關會議中公佈Xion脫離機關了，但依然下命令不允許任何人去帶Xion回來，Roxas因此感到很擔心，而Axel也對Roxas避而不見。
第二百七十六天，Roxas來到了命運之島，與一樣在島上的Xion和Riku的記憶產生了衝突，原因恐怕是Roxas和Xion體內的Sora的記憶碎片對Riku暫時被解開了的【對Sora的記憶】產生反應。Roxas看到了當初Riku在忘卻之城被Zexion掀起往事的場景，Xion看到並將自己代入了當初Riku、Sora、Kairi一起觀看大海的場景。隨後Xion昏倒在Riku身邊，並在夢中向自己的好友Roxas和Axel詢問自己是否真的存在過、要怎麼做才能和他們一樣、自己到底是誰......而Roxas則忍受不住記憶的衝突而離開了命運之島，並在大鐘樓遇見Axel，Axel決定明天和Roxas在任務結束後一起去找Xion。事後，Roxas並不太記得在命運之島到底發生了什麼事。
Xion醒來後，Riku向Xion解釋關於Sora和Sora的記憶碎片在她身上的事，並給予Xion一段時間去和她自己的朋友考慮到底怎樣做才是最好的、正確的。
第二百七十七天，Roxas開始和Axel利用任務完成後的時間搜索Xion，Saix雖然知道他們偷偷違背命令進行搜索，但並去沒有理會他們，因為主計畫已經進入另一個階段。
第二百九十六天，Roxas和Axel搜索Xion無果，Roxas想到Xion會不會在忘卻之城，Axel告訴Roxas，Xion是在忘卻之城誕生的。這是Axel隱瞞Xion的事到現在第一次向Roxas說出實話。
第二百九十七天，兩人按預定前往忘卻之城尋找Xion，不過Roxas卻在進入忘卻之城後沒多久就頭痛昏倒，醒來的時候已經被Axel帶到黃昏鎮了，原因恐怕是因為Roxas體內的Ventus的心接近到在覺醒的房間中沉睡著的Ventus造成衝突。
醒來後的Roxas和Axel在黃昏鎮遇見了兩名穿著黑袍的人，認為其中一人是Xion的Roxas正想要追上去確認，卻被另一個人阻擋下來。結果Roxas還是沒能追上逃跑了的兩個黑衣人，察覺和Xion在一起的人是Riku的Axel認為在搞清楚情況前都不應該報告讓機關知道這件事。在城市的另一邊，Riku和Xion遠遠地看著兩人，Riku問Xion是否想要回去，但Xion並沒有回答。
第二百九十八天，雖然Axel沒有報告昨天的事情，但是Roxas卻向Saix報告了那件事，會議中決定讓Roxas去消滅昨天沒能消滅到的假機關成員，而Axel則是去將Xion帶回來，如果無法強行帶回的話就當場消滅。
兩人來到黃昏鎮後分散行動，Roxas在黃昏鎮中找到了黑衣人並將她趕進了小巷盡頭，卻發現原來黑衣人是Xion。Xion不願意跟Roxas回去，並舉起鍵刃對著Roxas，一直在旁邊看著的Axel動手插入進去並與Xion打了起來，隨後Xion在戰鬥中因Roxas的呼喊聲而遲疑了一下，被Axel擊暈並無視Roxas的反對直接帶回了十三機關。
Roxas回到十三機關後，對Axel出手攻擊作為好友的Xion而感到十分生氣，Axel則表示這是兩碼事，並且不理睬生氣的Roxas直接離開了，Roxas對此感到十分迷惑。
第二百九十九天，Axel知道Roxas因為昨天的事情對他產生了不信任感，不過依然保持隱瞞Xion的真相，認為這是說謊的代價。一心只有將計畫恢復原狀的Saix對著猶豫中的Axel多次提及Xion只是個人偶，他認為Axel應該清楚兩者必舍其一個的情況下哪一邊對計畫更重要。
另一方面，Roxas找Xemnas問Xion的事情但沒打聽到什麼，反而從Xemnas那裏得知自己和Xion都是基於Sora誕生的，不過Roxas無法理解這句話到底是什麼意思。
第三百天，三人再一次聚集在大鐘樓上吃冰棒，不過卻沒有一個人開口說話。另外，Roxas開始因被Xion吸走過多的力量而容易產生疲勞。另一方面，Sora的記憶恢復進度開始緩慢下來了，DIZ決定採取最後的手段——捕捉Xion。
第三百零一天，Xion開始發現到Roxas容易疲勞但沒有太在意，而Axel則是在兩人之間猶豫著，Roxas則是感覺到越來越累。
第三百二十一天，Xion發現Roxas不僅僅容易疲倦，而且力量也在慢慢消弱，Xion找Axel商量了這事後，才知道原來是自己吸收了Roxas才使Roxas的力量越來越弱的。Xion很感謝Axel讓她自己去想、去考慮接下來該怎麼辦，認為自己不應該繼續存在下去的Xion決定在最後要幫上Roxas和Axel的忙。不過，這段對話被Xigbar聽見，他和Xemnas、Saix秘密商討後決定計劃讓Xion完全吸收掉Roxas。同時，Xion也從記憶中確認到了Sora的面貌。
第三百二十二天，經昨天的討論後，考慮到Sora蘇醒後應該不會按機關所想的行動的Xemnas決定以“不能讓Sora蘇醒”的前提下讓進行下一步的計畫，讓Xion在世界各地設置裝置。
第三百五十二天，機關第一次下陷阱讓Roxas和Xion戰鬥，幸好Axel趕到並驅散了幻影，隨後三人最後一次一起吃冰棒觀看夕陽。另一方面，Sora的記憶恢復進度完全停止下來了，DIZ命令Riku去捕抓Xion。
第三百五十三天，Xion在任務中偷襲同隊的Xigbar後逃跑，為了回歸Sora而第二次脫離機關。Roxas終於從Axel那裏得知Xion的真相，感到十分震驚，一邊拒絕去瞭解這件事一邊完全不信任Axel。另一方面，脫離機關的Xion找到了Riku，將自己在這段時間裏得出的答案告訴Riku後，Riku讓她去黃昏鎮的棄宅找Naminé，Xion感謝Riku並與Riku說再見。
第三百五十四天，Xemnas公佈了當初Xion的複製品計畫，而Axel再一次被命令將知道機關秘密的Xion帶回來。Roxas設置下最後一個裝置後，對自己的存在產生了疑問，有了脫離機關、重新尋找自己真正的歸宿的想法。另一方面，Riku在黃昏鎮遇見國王Mickey，因為知道自己以後應該會不斷與機關的成員進行戰鬥，難以避免失敗或被黑暗吞噬，所以想將Sora等人拜託給國王Mickey照顧，希望在他們醒來後國王Mickey能助他們一臂之力，國王Mickey只好答應下來。
第三百五十五天，Roxas再一次向Axel詢問自己的事情，但是Axel還是沒有告訴Roxas真相，感覺已經不能信任Axel的Roxas決定給Axel留下“中獎”的冰棒棍後脫離機關，並打倒了阻攔自己的Saix。儘管Axel在機關外的街道上再一次勸阻Roxas，不過Roxas還是決定尋找自己的真相而無視了Axel的感情離開了不存在的世界。
第三百五十六天，Xion與Naminé見面，從Naminé那裏的得知一切後，Xion將Roxas拜託給Naminé照顧。不過就在這時，Axel來到了棄宅前想要帶回Xion，Xion將自己的答案告訴Axel後，拿出鍵刃表示自己會為此而戰鬥，感到無奈又生氣的Axel發下“無論你們逃跑多少次，我都會將你們帶回來”的誓言。戰鬥結束後，Xion再一次被Axel帶回機關，並被Xemnas帶走，為完全吸收Roxas的計畫作最後準備。
第三百五十七天，脫離機關後無處可去的Roxas來到黃昏鎮的大鐘樓，遇見已經變成Sora的面貌的Xion。為了不讓一切都如機關所想的那樣稱心如意，也為了達成自己的生存意義和自己的願望，Xion釋放出自己的一切與Roxas戰鬥，並故意輸給了Roxas。隨後，Xion的基於Sora的記憶碎片建立起來的記憶之鏈被拆開，一邊將記憶和力量歸還給Roxas，一邊請求Roxas解放被束縛了的人造的王國之心。儘管Roxas在最後關頭想起了Xion的事情，不過在Xion完全消失後，Roxas還是忘記了關於Xion的記憶。
第三百五十八天，為了解放王國之心，因Xion的歸還而覺醒同時使用Sora與Ventus兩把鍵刃能力的Roxas再一次回到不存在的世界，並在摩天樓前遇見前來捕獲Roxas的Riku。戰鬥期間，Riku拿到了Roxas扔出來的“往昔的回憶”的時候一瞬間想起Xion的事，不過隨後就馬上忘記了。
【可以猜想當時是Sora（Roxas+Xion）的鍵刃為往昔的回憶，Ventus的鍵刃為約定的守護，兩把對於Roxas來說都是由特殊意義的】
隨後，Riku在第一次戰鬥中輸給了Roxas，在Xion的呼喚下Riku決定使用黑暗力量成功擊暈Roxas，並將Roxas帶回黃昏鎮的棄宅。DIZ為了避免機關這麼快就找上來，將黃昏鎮的一切資料化並放入Sora的記憶恢復裝置，改動Roxas的記憶後轉移到資料黃昏鎮中生活，以便讓他在記憶恢復裝置中恢復Sora的記憶。同時，Riku認為如果自己要繼續在暗之世界裏戰鬥的話，就必需讓自己染上黑暗——使用黑暗力量，自此一直維持著暗之探求者Ansem的身姿。
～不足七天的暑假～
（《王國之心2》序章）
第三百五十九天，也是Roxas的暑假的第一天，Roxas從Sora的記憶的夢境中醒來。Roxas來到老地方後從好友Pence、Hayner、Ollet那裏得知鎮上有東西被偷走了，而與他們不和的Seifer等人還宣揚Roxas他們就是偷東西的犯人。為了回復自己的信用，同時也為了找回自己被盜走了的"---"，Roxas和Pence他們一起在鎮裏調查事件。
打贏了前來挑撥的Seifer後，Roxas發現原來那些突然飄出來搶走Pence的相機的白色人影（Dusk）才是真正的盜賊。Dusk直到Roxas追到棄宅前才停下來，告訴Roxas自己是來“迎接”主人Roxas的，看著襲擊過來的Dusk，Roxas發現自己的反擊一點都不起效，正當不知道要怎麼辦的時候，一把鑰匙狀的武器出現在Roxas的手上，幫助Roxas擊退Dusk後又消失了。看著奪回來的被偷走了的“相片”，Roxas等人發現所有被偷的照片都是有照到Roxas的照片。
另一方面，Sora的記憶恢復率達到了12%。DIZ得知十三機關的人已經發現這裏了，那些無存偷取相片可能是因為無存無法分辨同樣是資料的照片和Roxas的差別，必須讓Naminé加快速度恢復Sora的記憶。
暑假的第二天，Roxas再次從Sora的記憶的夢境中醒來。因為暑假快要結束了，Hayner建議大家一起打工賺錢去海邊玩，正當Roxas拿著大家好不容易儲起來的錢去購買車票的時候，卻發現錢包被一名黑衣人偷走了。
另一方面，Sora的記憶恢復率達到了28%。黑衣人（Riku）抱怨DIZ為什麼不再模擬出一個海的場景出來，這樣可以避免自己與Roxas直接接觸導致出現影響，DIZ則認為增加區域只會擴大讓敵人入侵的路徑，並要求Riku將那個錢包刪除掉，同時讓Naminé繼續加快速度恢復Sora的記憶。
暑假的第三天，Roxas從一名白衣少女（Naminé）的夢中醒來，發現Hayner他們貌似完全忘記昨天自己弄丟錢的事並讓大家一起到車站坐火車去海邊玩，不過就在來到火車站前的Roxas想和Pence他們打招呼的時候，卻發現Pence他們仿佛時間停止了一樣動也不動。Naminé出現在迷惑中的Roxas面前，並在告訴Roxas自己無論如何都想和Roxas見上一面後再次消失不見。
十分在意Naminé的事的Roxas來到了棄宅前的森林裏，發現從黑色的洞穴裏冒出了前天出現的白色怪物。Roxas連忙逃回城裏並遇見了正在閒逛中的Seifer等人，儘管Seifer等人前來助陣，不過結果還是和前天一樣，Seifer等人的攻擊一切都不起效果。就在Roxas焦急地想該怎麼辦的時候，Roxas發現Seifer等人和剛剛Pence他們一樣停了下來，Naminé趕到並提醒Roxas使用鍵刃。Roxas經歷了一番在心境園中的戰鬥後被Naminé救出，可惜兩人還沒能好好地說上幾句話，就被突然出現的Riku阻擾，並將Roxas送回原先失去意識的地方。
Roxas醒過來後發現Seifer等人正趁著他暈倒的時候拍照，還被路過的Hayner誤會Roxas是在和Seifer等人一起玩。Roxas不但耽誤了他們四人前往海邊的行程，還一時間忘記了昨天和Hayner他們一起出戰明天的激鬥大會的約定，Hayner因此感到很生氣，Roxas也為自己不經思考的發言感到後悔。
另一方面，Sora的記憶恢復率達到了48%。DIZ對Naminé擅自讓自己的資料體進入數位黃昏鎮接觸Roxas的行動感到很生氣，不過同時也認為只要Naminé能完成修復Sora記憶的任務的話，她讓Roxas變成怎樣都無所謂。而Naminé則應該是在這段時間裏將自己在修復記憶途中所發現的沉睡於Sora體內的記憶和傳達這些資訊的自己的資料體一起寫入吉米尼記錄中去。
暑假的第四天，鎮裏舉辦激鬥大會而顯得十分熱鬧，不過Hayner看上去依然很生氣，Roxas也因此提不起精神，好在兩人在激鬥大會第一回合戰鬥後解開了彼此的矛盾，Roxas決定為了Hayner他們一定要獲得冠軍。
在准決賽中，Roxas戰勝了看上去和平常不一樣的Vivi後發現原來這個Vivi也是前些天見過的無存假扮的，同時Roxas也發現周圍觀眾的時間也停止了，鍵刃也再一次出現在自己的手上，Roxas只好使用鍵刃與無存戰鬥。
Roxas戰勝無存後，Axel出現並試圖呼醒Roxas的記憶，不過Roxas卻一點都記不起Axel的事情，Axel只好向Roxas發動了攻擊，企圖打暈Roxas強行帶回機關。隨後，DIZ出現，阻止Axel戰鬥並要求Roxas不要聽Axel所說的話，Axel也請求Roxas不要被DIZ所說的話給迷惑，兩者意見截然相反而又無法理解的話語在Roxas腦中碰撞，Roxas只能抱住頭期望回到Hayner他們所在的地方去。結果如Roxas所願，如同剛剛什麼都沒發生一樣，世界又再恢復了原樣。
Roxas打贏了決勝戰並贏得了激鬥大會的冠軍後，Roxas與Hayner等人一起來到大鐘樓上觀看夕陽。Roxas將獎盃上的四個水晶球摘下來並分給了大家，Olle也準備了海鹽冰棒慶祝Roxas的勝利。Roxas看到冰棒，猛地一下站起身來，卻不料失足從大鐘樓上掉了下去，並在掉落過程中失去了意識。
在命運之島長大了的Kairi依然想不起關於“那個男孩子”的記憶，感覺自己很過分的Kairi決定在想起那個男孩子之前都不到小島上去。就在這時，Kairi的腦海中響起了一個男孩子的聲音，並稱她為Naminé。Kairi與這個男孩子的交談中得知他的名字叫Roxas，同時也與藏在Roxas體內的Sora的記憶碎片產生反應，使Kairi在Sora/Roxas的提醒下回想起Sora的名字。
Kairi從昏迷中醒來後，將以前就準備好了的、寄託了自己思念的漂流瓶放到海裏去。而勸還失敗的Axel就被十三機關下達了抹殺Roxas的命令。
另一方面，Sora的記憶恢復率達到79%。DIZ發現原因是Naminé與Roxas接觸促成了Roxas與Kairi的心靈交流，兩者之間的記憶之鏈的恢復使Sora的記憶恢復進度有了大幅度增長。隨後，DIZ問Riku“真正的名字”是什麼，Riku回答他自己是“Ansem”。
【當然，DIZ早就知道Riku的名字是Riku，這裏是故意問的。Riku的回答等於告訴DIZ，作為讓Sora醒來的代價，他決定成為黑暗的居民——這個回答讓DIZ再次認知到Riku也是自己復仇的犧牲者，DIZ良心上的痛楚使他只能以苦笑回應Riku。】
【另外，猜測DIZ應該也是在今天將自己的分身和Sora的研究資料資料化、一起放進Sora體內。】
Riku再一次遇見國王Mickey，將裝有Roxas手上的玻璃球的資料黃昏鎮中盜取的錢袋交給國王Mickey，再次拜託國王Mickey照顧Sora等人，並且不要告訴Sora關於自己的一切事情。
暑假的第五天，從夢中驚醒的Roxas發現自己並沒有摔在大鐘樓下，而是出現在自己家的床上，Hayner他們也不記得Roxas曾經失足掉落的事。四人為了應付暑假作業裏面的自由研究報告，決定去調查黃昏鎮的七不可思議。在調查完第六項不可思議的無人列車後，Hayner因為不願意在最後一項不可思議的地方與Seifer等人一起調查而離隊，剩下Pence陪Roxas一起前往調查幽靈別墅。
Roxas在看向棄宅的二樓窗戶的時候，不知不覺地來到了房間裏面，並在房間裏遇見了Naminé。Roxas從散落在房間裏的一張張蠟筆畫和Naminé的解釋中得知一些關於Axel和Sora的事，但是當初Axel的態度讓Roxas不願意去認同自己和他是好友這件事，不過Roxas在與Naminé相處的這麼一小片刻裏，Roxas發現自己和Naminé所說一樣，一點都不瞭解自己。從Naminé那裏得知自己是“不應該存在”的Roxas顯得難以接受這個回答，看到Roxas這樣反應的Naminé覺得還是不應該將這些事告訴Roxas，並將Roxas送回到棄宅外面。幽靈別墅也調查完了，Roxas聽著Hayner他們熱烈討論最後兩天暑假要怎麼過，感覺越聽越是寂寞，仿佛自己再也見不到他們似的。
另一方面，Sora的記憶恢復率達到97%。Riku感覺到自己的對Sora的記憶如同撥雲見日一樣逐漸清晰，從DIZ那裏得知DIZ的目的是復仇後，Riku對於Sora以後有可能被DIZ所利用這點感到有些憤怒，但是DIZ並沒有理睬Riku的反應，交代Riku在Naminé完工之後“解決”Naminé。
暑假的第六天，資料黃昏鎮因十三機關的入侵而面臨全面崩潰，Roxas發現這座熟悉的城鎮變得倍感陌生，不知不覺間自己已經被無存給包圍，Axel也再一次出現在Roxas面前。雖然Roxas“知道”Axel是自己的好朋友，但是實際上並沒有恢復以前的記憶，得知Roxas還是沒有回憶起來的Axel無奈的舉起武器想要攻擊Roxas。正當Roxas想要防禦Axel的攻擊的時候，Roxas發現Axel的時間也被停止了，隨後響起了一個神秘的聲音（DIZ），要求Roxas前往棄宅。Roxas離開這個地方後，Axel終於明白自己所知道的Roxas已經不存在了，下決心執行機關的命令，去消滅Roxas。
Roxas來到了Naminé的房間，但是Naminé卻不在這裏。Roxas看著牆壁上的自己的畫，開始慢慢回想起“真實的自己”，回過神後，發現Naminé已經坐在身後的椅子上了。不過，在DIZ的阻礙下，Naminé沒能來得及告訴Roxas接下來將會怎麼樣，只能告訴Roxas只會回到原來的樣子，並約定下次見面的時候一定會將所有都告訴Roxas。隨後，Naminé被DIZ拖進暗之回廊，剩下Roxas留在雪白的房間裏。
Roxas來到地下電腦室裏，回想起自己記憶被改動的原因和改動自己記憶的人。雖然Roxas清楚知道這些儀器只不過是資料黃昏鎮的一部分，但是感到憤怒、悲傷、絕望的Roxas還是拿起鍵刃一遍又一遍地破壞眼前的儀器。隨後，Roxas在地下再一次遇見Axel，看到Axel出盡全力來戰鬥，Roxas也拿出往昔的回憶和約定的守護應戰，並戰勝了Axel。兩人約定在Roxas歸還到本體之後再見面，儘管彼此都知道“歸還”意味著消失，不過Roxas依然繼續往前進發。
Roxas來到了記憶恢復裝置的房間，Roxas對DIZ所說的一切都感到憎恨和氣憤，Roxas堅持地認為自己的心是只屬於自己的。一邊羡慕著Sora的蘇醒，一邊感歎自己的暑假還有一天就已經結束，Roxas回歸到Sora身上了。
～再度出發的勇者們～
（《王國之心2》正篇）
Sora等人從記憶恢復裝置中醒來，但是卻想不起來自己為什麼在這裏沉睡，吉米尼記錄上也只寫了一句“感謝Naminé”而已，摸不著頭腦的Sora等人決定先離開這裏看看外面的情況。
誤打誤撞來到Pence等人的秘密基地的Sora與Pence等人相識，並從Pence那裏得知有個身穿黑色袍子、耳朵又大又圓的人在車站附近尋找他們。連忙趕到車站的Sora等人遭遇到自己沒見過的白色怪物的襲擊，國王Mickey及時出現並擊退了敵人，將一個錢袋交給Sora並交代Sora去乘坐列車後又消失在城鎮的另一邊。
在Pence等人的送行下，Sora等人坐上幽靈列車離開了黃昏鎮。不過，國王Mickey交給自己的那個和Ollet一模一樣的錢包、放在錢包裏面的藍色玻璃球、再也回不到這裏來的感覺和臨走時不知不覺間流下的眼淚，仿佛都在跟Sora傾訴這一切都不是錯覺，可能，留在黃昏鎮的Pence等人也是一樣的感覺。Donald和Goofy鼓勵Sora提起精神來，並向Sora保證一定會再次來到黃昏鎮的。
乘坐幽靈列車來到不可思議之塔的Sora等人發現Pete正鬼鬼祟祟地躲在塔門外偷看，打聽後得知原來Pete在幫助讓自己脫離異空間牢房的魔女Maleficent到世界各地擴充無心，剛剛還往Yan Sid的塔內派送了不少的無心！擔心Yan Sid大人安危的Sora等人無視因聽到魔女已被打倒而非常生氣的Pete，直接而往塔里進發了。
接二連三出現的無心讓Donald心煩氣躁，Sora等人懷著“世界難道沒有恢復和平？”的疑問來到了Yan Sid的房間。Yan Sid向Sora等人解釋了為什麼依然存在無心和關於他們所見到的“白色怪物”是名為“無存”的存在，以及目前出現的統帥著無存的名為“十三機關”的新敵人，而國王Mickey目前就在為了解決事件而來回於各個世界之中。為了解決事件，為了找到國王Mickey和Riku，Sora等人決定再次展開旅程。
隨後，Yan Sid讓三色妖精Fauna、Merryweather和Flora為Sora準備了一套新衣服，並將一架積木船送給了Sora等人。不過以往連接世界與世界之間的通道已經因一年前Sora將世界恢復原狀而不復存在了，Sora等人需要利用世界為他們準備的新航道才能前往別的世界。Yan Sid相信，就如同無處不在的心與心的鏈結一樣，Sora的鍵刃一定會引導Sora等人打開這些連接著各個世界的新航道的大門。
Sora等人離開不可思議之塔後，魔女Maleficent的烏鴉帶著她的黑色披風來到了不可思議之塔，仗示著魔女Maleficent的復活。另一方面，烏鴉也出現在回到虛空城的Pete面前，以示著魔女Maleficent即將展開下一步的計畫。
Sora等人來到了正在重建中的虛空城，與Leon等人再遇，並從Leon他們那裏得知“原來Leon他們也是最近才想起Sora的”，不過Sora並沒有理解到這是什麼意思。另外，目前重建工程出現一個很大的問題——有數不清的無心像是在保護虛空城一樣保守在城壁下方和最近才出現的無存在阻礙工程的進展。
就在Sora和Leon一起到外牆上查看虛空城情況的時候，十三機關的剩餘成員出現在Sora面前，並讓其中一名成員（Xigbar）試探Sora，一方面是確定Roxas是否依然存在，另一方面是讓Sora明確十三機關是敵人並展開行動。十三機關成員回到不存在的世界後，Xemnas命令眾人到Sora所前往的世界裏散播“種子”，利用Sora所擊破的無心來幫助他們完成“王國之心”。
在Sora他們的新的旅途中，Sora在不同的世界裏遇見了一名想要控制野獸和另一名稱Sora為Roxas的“奇怪”的十三機關成員（Demyx），還有到處搗蛋的Pete和想要佔領迪士尼城堡的魔女Maleficent，不過在國王Mickey的暗中協助、Sora等人的活躍下都順利解決各地的事件。
四處溜達的布魯托在不存在的世界裏看見Axel打開暗之回廊出發前往命運之島，不過這條回廊卻在布魯托正想跟著進去的時候關上了。知道Axel的目的的Riku在布魯托身後打開了另一條暗之回廊，並用口哨聲引導布魯托進入回廊之中。
就在Kairi再一次來到海邊，感到自己就這樣等待下去是不行的時候，Axel從暗之回廊中/出現並以“行動起來、去見Sora”為藉口，召出無存想要強行帶走Kairi。Kairi覺得不能夠信任Axel，拒絕了Axel的“邀請”，決定跟著隨後出現並且想要保護自己的布魯托一起進入另一邊的暗之回廊。
Kairi和布魯托在口哨聲的引導下來到了暗之回廊的出口，就在Kairi走到出口的時候，Kairi察覺有一名讓她感到十分熟悉的黑衣男子正靜靜站在自己的身後，不過Kairi沒能來得及確認這名黑衣人是不是Riku就被出口的光芒掩蓋並昏迷了過去。Kairi和布魯托出現在黃昏鎮的Pence等人的秘密基地裏，Kairi醒來後與Pence等人成為了朋友。
Axel隨後來到黃昏鎮，Pence等人因對付不了Axel也無法接近暗之回廊，只能眼睜睜地看著剛成為朋友的Kairi被Axel帶走，布魯托也跟隨Axel的腳步進入了暗之回廊。Pence等人覺得應該找到並通知Sora這件事，開始在黃昏鎮裏尋找Sora。
Sora回到了黃昏鎮，救下了在廣場被無存襲擊的塞法等人，並被隨後出現的黑衣人（Saix）告知關於“背叛者”Axel的事情，並叮囑Sora繼續消滅無心後就準備利用暗之回廊離開黃昏鎮。Sora打算跟著一起進去前往十三機關的基地，但是這個舉動被Saix阻止了，他告訴Sora進入這裏的話“將會變得和Riku一樣”，並在Sora遲疑的時候彬彬有禮地消失在暗之回廊之中。
塞法等人認為是Sora招來這些不祥的怪物，並要求Sora儘快離開這裏，不過不率直的塞法為了表示剛剛被Sora救助的謝意，硬是將自己的冠軍獎盃塞給Goofy後才離開廣場。隨後，Pence等人找到了Sora，並告訴Sora一位紅頭髮的男子帶走了Kairi的事。激動的Sora不小心將Goofy手上的獎盃撞掉在地上，Sora與Pence等人撿起掉出來的四顆玻璃球後，四人不約而同地一起舉起玻璃球一起觀看夕陽，Sora的意識在這一瞬間裏不自不覺地被Roxas取替了。Sora回過神來之後，發現手上的玻璃球開始發出光芒，為Sora打開了通往下一個世界的道路。
Sora等人本來打算回虛空城尋找線索，卻沒想到在Donald無意操作下讓管理虛空城的電腦程式視Sora等人為敵人，並將Sora等人吸進瘋狂空間。Sora等人在系統安全程式的Tron的協助下成功讓囚/禁室的電腦恢復電源，並將Sora等人送回現實世界。
Sora等人在尋找賢者Ansem的密碼過程中再次與國王Mickey會合，並在國王Mickey的話語中得知密碼的答案為光之七公主的名字。Sora等人再次進入瘋狂空間協助Tron暫時奪取系統的控制權，同時密碼也改變為Sora等人的名字。
Sora等人通過密碼進入訪問通道，本以為終於可以調查到電腦中的資料了，結果卻發現電腦中大量的檔都出現資料錯誤的問題。生氣的Sora開始胡亂地敲打電腦，無意中調出一張“不認識的大叔”的照片，Sora等人這時才從國王Mickey那裏得知他才是真正的賢者Ansem，之前Sora等人打倒的暗之探求者Ansem只是冒替Ansem名字的人而已，而這個冒牌Ansem的無存就是現在出現的敵人，十三機關的領導者。
Sora向國王Mickey詢問Riku的下落，不過國王Mickey卻只跟Sora說“不知道”。隨後，魔女Maleficent率領無心軍團想要清理無存並重新佔領虛空城，Sora等人無視國王Mickey的阻止決定要幫助國王Mickey和Leon等人一起對抗無心軍團。
擊敗再次出現的十三機關成員（Demyx），一路協助眾人的Sora等人來到了無心大軍的面前，並在附近的山頂上發現十三機關的領導人Xemnas，米奇終於想起這個“冒牌的Ansem”就是當初賢者Ansem的第一大弟子Terra-Xehanort。為了接近Xemnas，Sora等人決定暫時分散，各自對付無心軍團並儘快到達山頂。
來到山頂的Sora質問Xemnas關於Kairi和Riku的事情，不過Xemnas並不知道Kairi，他只告訴Sora“國王Mickey知道Riku的下落”，隨後Xemnas打開暗之回廊離去，國王Mickey為了追蹤Xemnas也一起進入了回廊。雖然Sora知道國王Mickey肯定有他的苦衷，不過難得的線索再次斷掉讓Sora感到十分氣餒，Goofy和Donald只好安慰Sora，卻發現虛空城下的無心軍團消失的一乾二淨。
Axel出現在Sora等人身後，並告訴Sora十三機關在利用他擊敗無心來收集“心”的事，不過卻因Saix出現而沒來得及告訴Sora關於Kairi的事。Saix告訴Sora，Kairi就在他們那裏，不過不會讓Sora去見她，要生氣的話就將怨氣發洩到無心身上。聽到Saix的關於十三機關的目的之後，魔女Maleficent也跟著出現，表示無論是世界的王國之心還是人造的王國之心都是屬於她的東西，並用火牆為Sora等人的逃脫爭取時間。
不過Sora並不願意丟下魔女Maleficent逃跑，魔女Maleficent被無存制/壓而脫離，火牆也隨之消失，Siax也再次召喚出無心攻擊Sora。Sora發現自己的鍵刃所釋放的心都一一被黑暗帶走，但是不使用鍵刃的話自己連與無心戰鬥都做不到，覺得自己到現在為止所做的事情都無意義的Sora感到十分迷茫，失去了與無心戰鬥的勇氣。
魔女Maleficent實在看不下Sora他們的表現，出手將Sora等人傳送到一片黑暗的空間中去。Sora等人在黑暗中遇見一名黑衣人（Riku），並從黑衣人留下的盒子裏找到了一張Roxas和Pence等人的合照，還有象徵著Roxas的過去所度過的時間的海鹽冰棍。雖然Sora並沒有見過Roxas，不過Sora透過相片隱隱約約地知道“這個人就是Roxas”。海鹽冰棍開始發出光芒，為Sora指引了通往外面世界的道路。
Sora等人為了尋找Riku、Kairi和國王Mickey，再一次展開了各世界之間的旅程，並在一些世界中遇見到處生事的十三機關成員。在Riku的暗中協助和Sora的活躍下，Sora等人再次解決各世界的事件，並擊敗了其中一名十三機關成員Xaldin。
Sora等人再次回到虛空城，發現城鎮再次出現無心，連Cid特製的防禦系統也出現了混亂，才從Leon那裏知道MCP奪取了系統的大部分數據和機能，開始利用實驗室裏的器材製作無心和搗亂防禦系統，要求“用戶”臣服於MCP的支配下。Sora等人趕回瘋狂空間協助Tron，在Merlin和Cid特製的魔法程式的幫助下，Sora等人成功擊敗了MCP。
Tron犧牲作為安全程式的個體後，成功奪回系統的控制並讓城鎮安穩了下來，為了感謝Sora和Leon等人的幫助，Tron向Sora展示了這座城市剛建成時的摸樣，並重新為虛空城發射光柱和飄散光球。住在虛空城的居民看到熟悉的景色之後，都逐一回想起這座城鎮的真正的名字——虛空城正式恢復回光輝庭院。
Sora等人回到了黃昏鎮，發現Pence等人都倒在上次黑衣人留下的照片中的棄宅門前，原來Pence等人自從上次看到Goofy手中的藍色水晶球和Ollet一模一樣的錢包就開始猜想是否存在另一個黃昏鎮，為了尋找失蹤的Kairi而展開調查的。隨後眾人受到無存的襲擊，國王Mickey趕到並協助Sora一起擊退無存。
國王Mickey告訴Sora自己已經找到賢者Ansem的下落了，Sora也告訴國王Mickey可能已經找到Kairi的所在了。隨後眾人在棄宅內找到了記憶恢復裝置的電腦，在Pence等人的幫助下，Sora等人成功進入資料黃昏城，並找到了通往不存在的世界的入口。
Sora等人在暗之回廊裏遭到無存軍團的襲擊，Axel出現並為Sora解圍，最後以爆發自己的所有存在的方式消滅掉全部的無存。Axel在消失前告訴Sora關於Kairi被Saix抓走了的事，還有自己的想見Roxas的目的，不過在最後還是沒有告訴Sora關於Roxas就是Sora的無存的事，為Sora打開暗之回廊的出口後就完全消失了。
Axel的消失劇烈地動搖了Sora體內的Roxas的意識，使Roxas在不存在的世界的摩天樓下將Sora帶進心境之園裏與Sora戰鬥。戰鬥結束後，承認Sora是自己的本體的Roxas再次消失，（並夢見自己與Axel約定的場面）。另一方面，Naminé利用暗之回廊救助出被囚困的Kairi和布魯托，兩人接觸時產生的光為Sora指引出通往十三機關城堡的道路。
Naminé在與Kairi在逃跑過程中不斷被Kairi吸收而使得她的存在開始不穩定，隨後兩人遭遇上Saix的阻攔，好在Riku及時出現並趕走了Saix。雖然Naminé將Kairi交托給Riku，但是Riku並不希望Kairi看見他的樣子，不過在他正準備跟蹤Saix的暗之回廊離去的時候被Kairi和布魯托攔下，不得已的Riku只好讓Kairi看見自己那還處於暗之探求者Ansem的模樣。
Saix出現在Sora等人面前，並召喚出大量的無心和無存對付Sora。看到Sora被壓制著的Kairi忍不住也跳了下去，使用Riku交給自己的鍵刃幫助Sora對付無心。同時，魔女Maleficent和Pete也來到了城堡裏，並打算搶奪這個城堡。另一方面，國王Mickey在單獨前進的時候救下了被無存襲擊的DIZ——賢者Ansem，賢者Ansem向國王Mickey傾訴出這件事情的真相，以及被仇恨蒙蔽雙眼的自己所做過的過分的事情。
Sora與Kairi再次重逢，在Kairi的提示下Sora也察覺那個樣子是暗之探求者Ansem的人是Riku，Riku告訴Sora，現在戰鬥還沒有結束，自己還需要這黑暗的力量，但是用這股力量就一定會變化成暗之探求者Ansem的模樣，所以自己不希望這個面貌與Sora假面的事。不過Sora和Kairi都認為無論是什麼樣子，Riku就是Riku，並讓Riku和他們一起去結束這最後的戰鬥。另一方面，人造的王國之心即將形成，Xemnas同意了Saix的清理Sora等人的提議。（特別一提，Xigbar在這裏提及過“Sora比起以前的鍵刃使要差勁的多”）
賢者Ansem打算使用資料化的機器將人造的王國之心分解、資料化並吸收起來，不僅僅是為了擊破Xemnas的計畫，這也是對自己的一直以來所做的事情的贖罪。不過實際上這只是一場堵/博，心的資料化是無法通過計算來實現的，賢者Ansem在製作資料黃昏鎮的時候，就連鎮內的居民也是通過將心數據化而形成的，不過事情卻沒有如賢者Ansem所想像的那樣發展開來——心是可以超越系統的，從Roxas能與現實中的Kairi相連的時候賢者Ansem就已經明白到這點的了，不過復仇的心理讓他拒絕接受這種答案。
預想到機器會爆發的賢者Ansem要求國王Mickey離他遠點，賢者Ansem已經心裏決定伴隨這台機器到最後一刻。Sora等人和Xemnas也來到了這裏，看透了的賢者Ansem告訴Xemnas，他們至今的研究都沒有接觸到心的本質，他們就和過去一樣對心一無所知，如果Xemnas想創造些什麼的話，那就如同誕生自無知的創造，最終Xemnas必然會和自己所創造的東西一起滅亡。隨後，賢者Ansem因機器的爆發而再一次墮入黑暗世界，Riku也因機器爆發的副作用解除了暗之探求者Ansem的身姿，脫離了黑暗世界的居民的身份，失去了打開暗之回廊的能力。
機器的爆發導致人造的王國之心裏一部分的心解體，並散落在不存在的世界的地面上，產生了無數的無心出來。無數的無心為了追求人造的王國之心而攻進城裏，魔女Maleficent和Pete為了讓國王Mickey借自己一個人情而出面阻擋了無心的進攻，為Sora等人的前進爭取了時間。
Sora等人來到頂層與Xemnas對峙，Xemnas利用與Sora在幻覺中的戰鬥爭取了時間與人造的王國之心融合為一，並從Sora等人的面前消失。就在眾人不知道該怎樣追上Xemnas的時候，世界為Sora等人準備了一扇門，為Sora等人連接通往Xemnas所在空間的道路。Sora、Riku和國王Mickey使用鍵刃打開了大門，展開了與Xemnas的戰鬥。
戰鬥勝利後，眾人都顯得十分開心，雖然Riku已經失去了打開暗之回廊的能力，好在只有Sora、Kairi和Riku才能看得見的Naminé出現並為Sora等人打開了通往命運之島的暗之回廊，在布魯托的帶動下，國王Mickey、Goofy和Donald先行回去了。
Naminé如同當初與Roxas所約定的那樣再次與Roxas相見，隨後Roxas也回應了Naminé的聲音從Sora的體內走了出來。Roxas明白到，即使自己和Naminé都是不應該存在的無存，不過現在兩人都依然能互相看到對方所記得的自己的存在，所以兩人都並沒有消失——只要Sora和Kairi在一起的話，自己和Naminé都可以相見。隨後，Naminé和Roxas都各自回到了Kairi和Sora的身上。
就在Kairi、Sora、Riku想要從暗之回廊回去的時候，卻發現暗之回廊被阻礙並消失，剩下Sora和Riku兩人留在不存在的世界。原來Xemnas還沒有真正地消失，並再次向Sora和Riku襲來。再次擊倒Xemnas和隨後蜂擁而上的無存軍團後，Sora和Riku在光的引導下來到了黑暗世界的沙灘上，兩人在沙灘上相互傾訴著自己曾有多麼羡慕對方擁有自己所沒有的事物——因為對方就在自己身邊，也正是因為對方是自己重要的朋友，兩人得出了自己還是做回自己就足夠了的結論。
Riku發現有一個瓶子信被海浪送到他們的身邊，取出信件看了下後就將信交給Sora閱讀，因為Riku察覺到這封瓶子信應該是寄託了“想要去見Sora”的思念的Kairi的信。Sora閱讀信件後，Sora的心與Kairi的心的連接為Sora和Riku打開了通往命運之島的光之門，兩人跟隨者光之門的引導，終於回到了自己那讓人懷念的故鄉。Kairi和國王Mickey、Donald、Goofy一起在小島上迎接Sora和Riku的歸來，Sora也達成了當初在交叉鎮裏與Kairi的約定，回到小島並將星紋貝護身符交還給Kairi。
～在黑暗之中的光明～
（《王國之心2》賢者Ansem墮入黑暗世界後）
Aqua再一次回到黑暗世界的沙灘邊，遇見了再一次墮入黑暗世界的賢者Ansem，並從賢者Ansem那裏得知，一名名叫Sora的鍵刃使正在為光之世界戰鬥著，激動的Aqua流下了欣慰的淚水。
～必須治癒他們的痛苦～
（《王國之心 Re：Coded》正篇+《王國之心2》結尾）
國王Mickey等人回到了迪士尼城堡，吉米尼發現變成白紙的一年前的吉米尼報告的最後一頁裏寫有自己沒有印象的“必須治癒他們的悲傷”的句子，向國王Mickey報告後，國王Mickey打算使用機械裝置調查吉米尼報告內的資料，結果卻發現吉米尼報告裏充滿了BUG，無法使用機械從外面調查報告的內部。
國王Mickey決定從報告裏調用出資料Sora出來，幫助調查吉米尼報告並修復吉米尼報告的BUG。在國王Mickey和吉米尼報告擬人化後的資料Riku的協助下，資料Sora順利地前往各個世界進行修復。
在Pete的誤打誤撞下，Pete和魔女Maleficent發現了這個資料的世界，並駭進這個世界，破壞了資料Sora手上的資料制鍵刃，襲擊、帶走了資料Riku並在他體內植入BUG，目的是為了通過利用統治資料的世界來統治現實中的世界。同時，國王Mickey、Donald和Goofy也通過資料化來到資料的世界打算協助資料Sora，因BUG的阻礙而無法回到現實世界的國王Mickey無法從外面調動裝置重新賦予資料Sora戰鬥的武器，考慮到資料Sora的安危，國王Mickey決定讓Donald和Goofy保護資料Sora，而自己則一個人去解決事件。
資料Sora無法忍耐就自己一個人呆在安全的地方，決定冒險前往資料世界的虛空城，Donald和Goofy為了保護資料Sora，也陪伴在資料Sora身邊行動。期間，資料SoraDonald和Goofy建立起友情的羈絆。資料Sora在Donald所說的“相連的心就是我們的力量”話語下領悟到自己的力量的源泉，使得資料Sora手中的鍵刃重生，救下為了保護Sora而身臨險境的Donald和Goofy。
PS：這與國王Mickey當初賦予資料Sora的資料制鍵刃不同，是一把真正的鍵刃。
資料Sora進入資料Riku——吉米尼報告中修復完BUG後，通往外界的通道也恢復了正常，國王Mickey等人與資料Sora告別，並準備在回到現實世界後，讓吉米尼報告重新整理回KH1的記錄——也就是說，資料Sora將會失去這次不屬於KH1記錄的冒險的記憶，“還原”到原本符合KH1的記錄中去。國王Mickey告訴資料Sora，即使資料Sora的記憶消失，國王Mickey和Donald、Goofy都永遠是資料Sora的朋友，資料Sora手上的鍵刃就是他們友情的見證。
就在國王Mickey準備回去的時候，資料世界發生劇烈的震動。原來在吉米尼報告還處於BUG狀態的時候，按照原本KH1的記敍中變成無心的Sora沒能在Kairi的幫助下恢復成人類，資料無心Sora通過不斷吞噬資料（具體是指數據無心所釋放出來的資料心的資料），慢慢地進化成一個新的意識體。放著不管的話，資料世界的資料將會被資料無心Sora一吃而光。
數據Sora在國王Mickey和逼不得已的魔女Maleficent的幫助下打倒了數據無心Sora，隨後，國王Mickey等人和魔女Maleficent等人都分別回到各自的現實世界。吉米尼報告的重寫十分順利，資料Sora被重置、資料Riku則因有隔離開的備份資料而暫時還擁有意識。
資料Riku在報告重寫過程中，發現在修復後的吉米尼報告裏面出現了通往不知道是誰寫入的隱藏資料的門。資料Riku擔心讓現在失去了記憶的資料Sora前往那裏實在太危險了，國王Mickey請求資料Riku再讓他進入一次資料世界，國王Mickey想親自和資料Sora交談，並引導資料Sora前往隱藏在吉米尼報告中的忘卻之城中去。雖然資料Sora並沒有想起來之前發生過什麼事，不過手中/出現的鍵刃仿佛在呼喚他答應米奇的請求，一起去尋找“真相”。
在黑衣人（資料Roxas）的引導下，資料Sora在忘卻之城再一次展開各世界的冒險，同時資料Sora也感到十分痛苦——無論到達哪一個世界，自己都沒有與那裏的人相遇相識的記憶。
在前進的路程中慢慢學會、明白、領悟到這份“痛苦”是自己重要的“羈絆”的資料Sora和與之對峙的資料Roxas進行了一次戰鬥。戰鬥結束後，資料Roxas明白到資料Sora已經通過了他的測試，資料Sora已經擁有足夠的堅強去接受那一份“痛苦”。資料Roxas將忘卻之城的卡片交給資料Sora後，回歸到資料Sora的體內。
資料Sora與資料Naminé見面，並從資料Naminé那裏得知，真正的Naminé在修復Sora的記憶的時候，所發現的沉睡在Sora的記憶中的的關於Ventus、Terra、Aqua、Roxas、Xion的記憶，以及關於賢者Ansem在Sora體內隱藏了一份資料這件事。為了將這件事傳達給Sora，Naminé將這些資訊寫進吉米尼報告裏，這次系統中所發現的BUG也是因為國王Mickey在給吉米尼報告進行資料化的時候由這些資訊裏間接產生的。
資料Naminé希望資料Sora能將這些事情轉告給在現實世界中的Sora，資料Sora也達成了本應在現實中感謝Naminé的約定。國王Mickey得知這些事情後，前往不可思議之塔與自己的師傅Yan Sid討論接下來該怎麼辦。為了應付在不久的未來中與即將復活的Master Xehanort之間的戰鬥，Yan Sid讓國王Mickey帶Sora和Riku到不可思議之塔，他想為兩人進行鍵刃大師承認試驗。國王Mickey回到迪士尼城堡，並寫了一封瓶子信送出異空的海洋。
Kairi在命運之島的沙灘邊撿到了國王Mickey的瓶子信，Sora和Riku看完內容後知道新的冒險即將再次展開，Kairi也再一次將花紋貝護身符借給Sora，與Sora、Riku約定一定要回來。
～七道光明與十三道黑暗～
（《王國之心夢降深處》正篇）
Sora和Riku來到不可思議之塔，從國王Mickey那裏得知關於Naminé在吉米尼報告中想要傳達的事情後，Yan Sid向兩人提出了重新學習鍵刃使的戰鬥方式和進行鍵刃大師承認試驗的建議。為了應付這一連串事件的犯人、即將復活的Master Xehanort，為了拯救與Sora相連、還處於悲傷之中的人，為了陪伴對於自己是否適合成為鍵刃使感到疑惑的Riku，Sora決定答應Yan Sid的建議，和Riku一起進行鍵刃大師承認試驗。
Yan Sid使用與Master Xehanort不一樣的穿越時間的方式和魔法術式，讓變回一年前身姿和能力的Sora和Riku回到了當初命運之島被黑暗吞噬之前的時間和地點。
Sora一邊打開沉睡的鑰匙孔一邊在囚困於沉睡之中的世界裏冒險，而Riku則是在Sora的夢境中和Sora一樣在不同的世界中前進，期間青年Xehanort多次通過暗之探求者Ansem在Sora身上留下的X的標記帶領不同時間段的Xemnas和暗之探求者Ansem分別與Sora、Riku見面，目的是誘導Sora陷入更深的夢境中去和刺探Riku是否真的已經失去用處。
另一方面，Lea從“與Roxas約定，無論消失多少次都一定會將對方帶回來”的夢境中醒來，發現包括自己Lea（Axel）在內，原十三機關成員Dilan（Xaldin）、Elaeus（Lexaeus）、Even（Vexen）、Ienzo（Zexion）在光輝庭院的研究所內恢復成人類，不過本應一起出現的Isa（Saix）、Braig（Xigbar）和Terra-Xehanort（Xemnas）卻沒有一起出現。
Lea沒能在城裏找到Isa等人，而Even和Dilan的意識就還沒有穩定下來。Lea從Ienzo得知Isa等人沒有出現在這裏是“很奇怪的事”後，Lea決定利用暗之回廊到外面的世界尋找他們。
魔女Maleficent趁國王Mickey等人不在城堡期間潛入迪士尼城堡並綁架了米妮王后，派出烏鴉使者要求在不可思議之塔的國王Mickey馬上回迪士尼城堡。
魔女Maleficent要求國王Mickey交出“世界的資料”——吉米尼報告，不過Lea及時出現並為國王Mickey打破了僵局，使魔女Maleficent失去了作為人質的米妮王后，魔女Maleficent只好帶著Pete離開迪士尼城堡，策劃下次該怎樣搶奪吉米尼報告。國王Mickey向Lea問道他的來意，原來Lea想要前往不可思議之塔，但自己又不知道不可思議之塔在哪個位置，所以才來迪士尼城堡求助國王Mickey的。
Lea向Yan Sid提出自己想要成為鍵刃使的請求，一方面是考慮到恢復成人類的自己無法長期使用暗之回廊前往不同的世界尋找Isa等人，另一方面也是為了接近和尋找Roxas。雖然Donald十分抗議這件事，不過Yan Sid還是答應下來了，因為自從Sora和Riku出發之後總感覺哪里不對勁，為了應對狡猾的Master Xehanort有可能設下的策謀，這邊也需要暗中準備個”皇牌“。
Yan Sid讓Merlin和三色妖精Fauna、Merryweather和Flora協助Lea在時間流逝不同的地方讓Lea儘快掌握鍵刃的力量。
Yan Sid在和國王Mickey等人探討裏，察覺到Master Xehanort也回到了過去→打從一開始這邊的舉動就在Master Xehanort的計算裏的可能性，同意了國王Mickey想去救助Sora和Riku的請求，並告訴國王Mickey，他在狹間世界裏感覺到些許的Riku的氣息，剩下的就交由心的帶領下前進。
Sora回到了不存在的世界，Xigbar和來到未來的青年Xehanort為了讓Sora更進一步陷入更深的睡眠之中，他們向Sora施展了睡眠魔法，並讓青年Xehanort將他們的計畫一步步地告訴Sora。
Riku回到了不存在的世界，並在深處發現沉睡中的Sora，正當Riku想要喚醒Sora的時候，Sora的噩夢從Sora身上分離了出來，並向Riku發動了攻擊。
青年Xehanort的解說中途消失，Sora在夢境中遇見了Naminé、Xion（不認識）、Roxas、Terra（不認識）和Aqua（不認識），儘管Sora已經聽見Riku想要喚醒自己的聲音，但是想要知道藏在自己心中的一切的Sora還是沒有聽從Riku的阻止，一步步地深入夢境之中。隨後，Sora在命運之島裏遇見Aqua的夢境/記憶中被暗之探求者Ansem趕出了夢境。
Sora醒來後，再次遇見Xemnas和Xigbar，Sora並沒有被兩人的話語所迷惑，堅信著自己與大家的相連的心的力量，並與Xemnas進行戰鬥。戰鬥結束後，疲倦的Sora失去了從夢境中醒來的力氣，青年Xehanort出現並解釋完剩下的事情後，將心已在黑暗中沉睡的Sora作為第十三個容器帶回十三機關的城堡裏。
Sora的心在沉睡的深淵中越墮越深，Ventus的心出現並化作鎧甲保護Sora的心不被黑暗侵蝕。
Riku在戰勝噩夢後還是沒能叫醒Sora，隨後Sora消失、暗之探求者Ansem出現，告訴Riku其實他一直都在Sora的夢境中展開旅程的事實，同時，Sora的心也開始墮入黑暗，暗之探求者Ansem將Riku帶進“黑暗中的黑暗”裏去，想要再次引導Riku使用黑暗力量。
不過Riku在這次的旅途中想通了很多，最初自己所願望的事、渴望出外冒險的理由、在扭曲的欲望裏犯下的過錯、以及現在自己所希望去做的事情——所以Riku決定不再將黑暗封閉在自己的心中，再一次將暗之探求者Ansem——自己心中的黑暗打倒，吞噬了心中的黑暗並轉化為光，Riku終於真正地獲得了自己的“守護自己最重要的事物的力量”。
Riku回到了真正的不存在的世界，並在十三機關的城堡裏找到了如同空殼的Sora。青年Xehanort帶領著包括自己在內的來自各個時間的真·十三機關出現、阻止Riku接觸Sora，並將這次的事件以及Sora將會成為第十三個容器的真相告訴Riku。隨後，國王Mickey及時出現並使用了時間停止魔法，打算趁真·十三機關時間停止期間和Riku一起帶走Sora。
還在恢復回人類過程中的Master Xehanort將自己的意識轉移到時間停止中的青年Xehanort身上，打破時間停止的限制、控制青年Xehanort襲擊國王Mickey和Riku，順利爭取到時間讓時間停止魔法失去效果、讓自己再一次恢復成人類的形態。
Master Xehanort將這次計畫的目的“讓十三道黑暗和七道光明相碰撞來製作出Χ-blade”告訴國王Mickey，加上還處於空殼狀態的Sora的話十三道黑暗已經齊全了，Master Xehanort是想讓國王Mickey就算不願意也會幫他召集到其餘的“光”。
就在Master Xehanort要將自己的心分給Sora的時候，Lea趕到並阻止Master Xehanort的心進入Sora體內。隨後Master Xehanort讓Saix、Xemnas和暗之探求者Ansem抓獲眾人，不過幸好使用星之碎片進行傳送的Donald和Goofy也及時來到十三機關並為Riku等人解圍。
多得Donald和Goofy的攪合拖延了時間，Master Xehanort當初施展的穿越時間魔法也隨之失效，真·十三機關也慢慢回到自己所應該存在的時間。Master Xehanort向國王Mickey約定/宣戰，當雙方互相完成七道光明和十三道黑暗之後，再到那個命運的地方相會。
眾人回到不可思議之塔，Yen Sid表示成功解放七個沉睡的鑰匙孔的Sora和Riku都應該學會了解放沉睡的心的方法，Riku隨之請纓再次前往Sora的夢中讓Sora蘇醒回來。Riku在獲得國王Mickey和Yen Sid的同意後再次打開通往Sora夢境的大門，打倒了被漆黑鎧甲控制住的Sora，使用Sora留下的王國之鍵進入到Sora的夢中。
Riku在Sora的夢境中相繼遇見Roxas和另外兩名沒印象的少年少女，並回答了他們的問題，隨後，Riku在沙灘上再次遇見將自己資料化後的資料賢者Ansem。資料賢者Ansem告訴Riku關於Sora的力量——純粹的心的力量的事情，並將當初在研究Sora的力量時留下的研究記錄交給Riku，因為這份資料應該能成為找回Riku他們失去了的同伴的線索。
資料賢者Ansem將自己想說的事都傳達給Riku後，告訴他Sora已經醒來，因為Riku所遇見的三位年輕人就是Sora蘇醒的鑰匙。Riku使用Sora留下的王國之鍵打開通往外界的鑰匙孔，再一次將自己的名字告訴給資料賢者Ansem後，離開了Sora的夢境。
Riku醒來後發現Sora確實已經醒來了，Yen Sid也將本次鍵刃大師承認試驗的結果——他選擇承認Riku成為鍵刃大師的事情告訴給兩人聽。Sora和國王Mickey對Riku成為鍵刃大師感到高興，雖然Riku對於這個結果感到有些遲疑，不過在Sora肯定的眼神和國王Mickey的鼓勵下，Riku決定接受這個結果，並感謝眾人一直以來的幫助。
Lea表示自己很快就會追上Sora和Riku，聽到這話時兩人才知道Lea是來學習使用鍵刃的，隨後Lea更是在不知不覺之間使出了之前一直都召喚不出來的火紅色鍵刃，讓在場的眾人大吃一驚。
Sora為了完成自己還沒做完的事情，再一次進入囚困在夢境中的世界；Lea為了處理接下來的事情而回到了光輝庭院；而Riku則是接到了Yen Sid的委託，前往命運之島接Kairi來不可思議之塔——原來Yan Sid推測到光之七公主很有可能再次被Master Xehanort盯上，為了更好地保護光之公主，同時也為了確認能夠使用鍵刃的Kairi是不是七之光的其中一員而讓Riku接Kairi來的。
KH III……
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